122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1405 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1405  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000263506 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1410  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0003  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 80 bp  119  1.9999999999999998e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0006  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 80 bp  119  1.9999999999999998e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.384374  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0009  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 80 bp  119  1.9999999999999998e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0012  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 80 bp  119  1.9999999999999998e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0017  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.069433 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0027  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0583618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0007  5S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 122 bp  75.8  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0032  5S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 122 bp  75.8  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0043  5S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 122 bp  75.8  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000122587 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0065  5S ribosomal RNA  89.61 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.22453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0066  5S ribosomal RNA  89.61 
 
 		 117 bp  73.8  0.000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.225371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0007  5S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 129 bp  67.9  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0033  5S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 129 bp  67.9  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.341902  normal  0.519563 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0041  5S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 129 bp  67.9  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.114691 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22200  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  65.9  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.380551  normal  0.811083 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10570  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  65.9  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.782601  normal  0.301698 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06930  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  65.9  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.648291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0018  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0023  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0031  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0953498  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0062  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0065  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0034  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.263469 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37120  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  65.9  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14048  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 124 bp  65.9  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000166402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0042  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0030  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.476449  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0017  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0022  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0029  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000935796 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0060  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0063  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0032  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00233043  normal  0.030987 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0033  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00237369  normal  0.031126 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0050  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00286866  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0051  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00290492  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0065  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0841821  normal  0.044822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0066  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0845472  normal  0.0450161 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05580  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 129 bp  65.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07460  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 129 bp  65.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.875946 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25510  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 129 bp  65.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0021  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.631402 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0022  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.631402 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0034  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.457596 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0035  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.457596 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0054  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.577391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0055  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.579519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0067  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.107142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0068  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.106732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0076  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0077  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0044  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000702474  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0047  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0124102  hitchhiker  0.00149945 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0029  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0042  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.247953  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0006  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.449414  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0013  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0618011  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0027  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.360256  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03880  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 165 bp  63.9  0.000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.158034  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14270  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 166 bp  63.9  0.000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00060826  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0029  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0007  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0048  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.48355  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0038  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0784313  normal  0.234797 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0046  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0022  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0790394  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0039  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0019  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.507322  normal  0.482048 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0036  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0862366  normal  0.0219575 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0025  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 113 bp  58  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0040  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 113 bp  58  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0277328  normal  0.0318145 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0019  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329841  normal  0.0964141 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0036  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.481647  hitchhiker  0.00452682 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0025  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 112 bp  58  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.109821 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0038  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 112 bp  58  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0034  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0051  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0058  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0061  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0020  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 118 bp  58  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.803833  normal  0.34124 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0021  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.800418  normal  0.340088 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0036  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0037  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 118 bp  58  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04520  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 164 bp  58  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.342927  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13570  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 164 bp  58  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.053497  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21630  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 164 bp  58  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.427298  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0013  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0014  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0041  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0042  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0057  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0058  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0061  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0062  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07400  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 129 bp  54  0.000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.224286  normal  0.168407 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12360  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 129 bp  54  0.000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0222476  normal  0.150299 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0054  5S ribosomal RNA  96.67 
 
 		 115 bp  52  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0106788 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0056  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0213918  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>