More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0178 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
347 aa  694    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0202572  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3488  ABC transporter permease  71.68 
 
 
339 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41150  putative permease of ABC transporter  71.09 
 
 
339 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.04 
 
 
340 aa  496  1e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3719  ABC transporter, permease protein  70.8 
 
 
339 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.03 
 
 
339 aa  490  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.391891  normal  0.494478 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29670  oligopeptide ABC transporter, inner membrane permease component  71.04 
 
 
339 aa  488  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.175174  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1756  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  69.91 
 
 
339 aa  485  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.974792  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.93 
 
 
357 aa  485  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.55 
 
 
339 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0570261  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2179  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  70.15 
 
 
339 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.55 
 
 
339 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.937938  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.96 
 
 
339 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0100075  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0533  putative peptide ABC transporter, permease protein  66.27 
 
 
352 aa  475  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.06 
 
 
339 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.09 
 
 
368 aa  472  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0329294  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.55 
 
 
338 aa  468  1.0000000000000001e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.504144  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.76 
 
 
355 aa  466  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3075  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.78 
 
 
340 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.31 
 
 
341 aa  450  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.02975 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0265  peptide ABC transporter, permease protein  63.28 
 
 
340 aa  448  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2904  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.48 
 
 
341 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00718406  normal  0.256251 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.37 
 
 
340 aa  448  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3168  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.27 
 
 
346 aa  448  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0141  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.99 
 
 
340 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0291  ABC transporter binding protein inner membrane protein  60.82 
 
 
349 aa  446  1.0000000000000001e-124  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.69 
 
 
341 aa  442  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.254964  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.47 
 
 
341 aa  443  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.95 
 
 
383 aa  442  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61 
 
 
402 aa  444  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.291012  normal  0.892203 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02109  predicted oligopeptide transporter subunit  60.95 
 
 
341 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501538  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.65 
 
 
341 aa  438  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.152575  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.88 
 
 
341 aa  438  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3317  ABC transporter, permease protein  60.95 
 
 
341 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.655724  normal  0.274397 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.09 
 
 
341 aa  438  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.95 
 
 
341 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000790283  normal  0.119666 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02068  hypothetical protein  60.95 
 
 
341 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2477  ABC transporter, permease protein  60.95 
 
 
341 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2328  ABC transporter, permease protein  60.65 
 
 
341 aa  438  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0125701 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.84 
 
 
379 aa  440  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.124175  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2317  ABC transporter, permease protein  60.95 
 
 
341 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2569  inner membrane ABC transporter permease YejE  61.19 
 
 
341 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189075 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2367  inner membrane ABC transporter permease protein YejE  61.19 
 
 
341 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0273884  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2412  inner membrane ABC transporter permease protein YejE  61.19 
 
 
341 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0468301 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2455  inner membrane ABC transporter permease YejE  61.19 
 
 
341 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000213093 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0779  ABC transporter, permease protein  60.65 
 
 
341 aa  437  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2458  inner membrane ABC transporter permease YejE  61.19 
 
 
341 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.424248  normal  0.739807 
 
 
-
 
NC_004310  BR0007  ABC transporter, permease protein  58.74 
 
 
379 aa  431  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.295504  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3743  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.48 
 
 
340 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.379844  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0450  putative peptide transport system permease protein  62.16 
 
 
342 aa  433  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.540872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0007  ABC transporter, permease protein  59.02 
 
 
379 aa  434  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00710024  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3031  peptide ABC transporter, permease protein  63.58 
 
 
340 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00306924  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.73 
 
 
392 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0307109 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
392 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.499236  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.45 
 
 
390 aa  424  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.82 
 
 
382 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7052  oligopeptide ABC transporter membrane protein  59.18 
 
 
391 aa  421  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.11 
 
 
396 aa  418  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.510963  normal  0.625739 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.89 
 
 
398 aa  421  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.124488 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0291  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.73 
 
 
390 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.7 
 
 
341 aa  417  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.89 
 
 
392 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2506  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4147  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.11 
 
 
395 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1495  ABC transporter permease  61.65 
 
 
342 aa  412  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.733887  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.37 
 
 
347 aa  414  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.753912  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.65 
 
 
342 aa  412  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.352071  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.82 
 
 
392 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2713  ABC transporter, permease protein  61.65 
 
 
342 aa  412  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.63 
 
 
385 aa  409  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3364  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.5 
 
 
376 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.32 
 
 
400 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37850  putative permease of ABC transporter  63.77 
 
 
338 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000425453  normal  0.227586 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2738  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.32 
 
 
400 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.337549  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0246  ABC transporter membrane spanning protein (peptide)  57.1 
 
 
378 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.36 
 
 
338 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.588889 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.17 
 
 
406 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal  0.0286724 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.08 
 
 
345 aa  402  1e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.33 
 
 
338 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.22 
 
 
338 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207956  normal  0.0893102 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.32 
 
 
400 aa  404  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.94 
 
 
382 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0843  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.48 
 
 
343 aa  391  1e-108  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.562885  normal  0.0400765 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1040  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  55.33 
 
 
360 aa  394  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.522587 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.22 
 
 
338 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.161854  normal  0.0734205 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0528  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.17 
 
 
368 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.358885  normal  0.209148 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0702  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  53.17 
 
 
368 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.440512  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.17 
 
 
368 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.559782  normal  0.0520062 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.85 
 
 
360 aa  384  1e-106  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.318387 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0657  ABC peptide transporter  52.34 
 
 
392 aa  377  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
368 aa  378  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247928  normal  0.144081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.1 
 
 
343 aa  369  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.120778  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1638  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  52.98 
 
 
368 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.488857  normal  0.189782 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.68 
 
 
368 aa  361  9e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000209026  normal  0.0130851 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.58 
 
 
368 aa  359  3e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.145516 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55 
 
 
376 aa  358  9e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.76 
 
 
374 aa  355  5.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0696851 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.46 
 
 
374 aa  355  5.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.671417 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.17 
 
 
341 aa  354  1e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1980  ABC transporter, permease protein  52.96 
 
 
349 aa  354  1e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000012638  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.47 
 
 
341 aa  354  1e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>