More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1465 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_R0037  16S ribosomal RNA  89.1 
 
 		 1497 bp  1618    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1465  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1513 bp  2999    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0460  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1513 bp  2999    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2342  16S ribosomal RNA  93.56 
 
 		 1458 bp  2115    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2339  16S ribosomal RNA  93.56 
 
 		 1458 bp  2115    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.474601  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1806  16S ribosomal RNA  90.73 
 
 		 1511 bp  1848    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1704  16S ribosomal RNA  98.28 
 
 		 1513 bp  2793    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_r01  16S ribosomal RNA  93.79 
 
 		 1723 bp  1905    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2336  16S ribosomal RNA  93.56 
 
 		 1458 bp  2115    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1800  16S ribosomal RNA  90.73 
 
 		 1511 bp  1848    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_r04  16S ribosomal RNA  93.79 
 
 		 1723 bp  1905    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0592  16S ribosomal RNA  93.92 
 
 		 1461 bp  2183    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.518963  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0506  16S ribosomal RNA  93.92 
 
 		 1461 bp  2183    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.213034  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_Cj16SA  16S ribosomal RNA  98.35 
 
 		 1513 bp  2801    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_Cj16SB  16S ribosomal RNA  98.35 
 
 		 1513 bp  2801    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_Cj16SC  16S ribosomal RNA  98.35 
 
 		 1513 bp  2801    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.334773  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1724  16S ribosomal RNA  98.28 
 
 		 1513 bp  2793    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.69789  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_r06  16S ribosomal RNA  93.79 
 
 		 1723 bp  1905    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0152  16S ribosomal RNA  93.92 
 
 		 1461 bp  2183    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1803  16S ribosomal RNA  90.73 
 
 		 1511 bp  1848    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0148502  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1711  16S ribosomal RNA  98.15 
 
 		 1511 bp  2761    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0055  16S ribosomal RNA  89.17 
 
 		 1497 bp  1626    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0042  16S ribosomal RNA  89.1 
 
 		 1497 bp  1618    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0018  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1448 bp  1092    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0022  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1448 bp  1092    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0031  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1448 bp  1092    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0059  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1448 bp  1092    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.578298  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0517  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1513 bp  2999    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.635993  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0032  16S ribosomal RNA  98.41 
 
 		 1513 bp  2809    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1524  16S ribosomal RNA  98.41 
 
 		 1513 bp  2809    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1275  16S ribosomal RNA  98.41 
 
 		 1513 bp  2809    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0016  16S ribosomal RNA  83.46 
 
 		 1525 bp  581  1.0000000000000001e-163  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.70161  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0052  16S ribosomal RNA  83.46 
 
 		 1525 bp  581  1.0000000000000001e-163  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00180214  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0811  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1497 bp  458  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00289135  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4846  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1497 bp  458  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0349073  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5403  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1497 bp  458  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00231209  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  82.04 
 
 		 1548 bp  458  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  82.04 
 
 		 1548 bp  458  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1526 bp  458  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1526 bp  458  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1526 bp  458  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1526 bp  458  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0015  16S ribosomal RNA  81.8 
 
 		 1563 bp  452  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00605787  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0048  16S ribosomal RNA  81.8 
 
 		 1563 bp  452  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000038279  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0034  16S ribosomal RNA  81.56 
 
 		 1543 bp  434  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0312454  normal  0.359772 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0054  16S ribosomal RNA  81.56 
 
 		 1543 bp  434  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.526981 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0032  16S ribosomal RNA  81.27 
 
 		 1550 bp  416  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0577345 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0043  16S ribosomal RNA  81.27 
 
 		 1550 bp  416  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  81.6 
 
 		 1518 bp  414  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  81.6 
 
 		 1518 bp  414  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  81.6 
 
 		 1518 bp  414  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  81.6 
 
 		 1518 bp  414  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  81.6 
 
 		 1518 bp  414  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0012  16S ribosomal RNA  81.4 
 
 		 1545 bp  410  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0012  16S ribosomal RNA  81.4 
 
 		 1550 bp  410  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0039  16S ribosomal RNA  81.4 
 
 		 1550 bp  410  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0074  16S ribosomal RNA  83.31 
 
 		 1537 bp  410  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000152418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0034  16S ribosomal RNA  83.31 
 
 		 1548 bp  410  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000185236  normal  0.225155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0008  16S ribosomal RNA  83.31 
 
 		 1548 bp  410  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00185105  hitchhiker  0.000712257 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  81.37 
 
 		 1538 bp  412  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  81.37 
 
 		 1538 bp  412  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  81.37 
 
 		 1538 bp  412  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0082  16S ribosomal RNA  83.31 
 
 		 1537 bp  410  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000564092  normal  0.151299 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0039  16S ribosomal RNA  81.4 
 
 		 1545 bp  410  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  81.26 
 
 		 1538 bp  404  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  81.26 
 
 		 1538 bp  404  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1495 bp  404  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1534 bp  404  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6153  16S ribosomal RNA  83.16 
 
 		 1497 bp  402  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0118528  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0074  16S ribosomal RNA  81.02 
 
 		 1547 bp  396  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.18727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  81.16 
 
 		 1527 bp  396  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  81.16 
 
 		 1527 bp  396  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  81.16 
 
 		 1527 bp  396  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  81.16 
 
 		 1527 bp  396  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  81.16 
 
 		 1527 bp  396  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  81.16 
 
 		 1527 bp  396  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0069  16S ribosomal RNA  81.02 
 
 		 1547 bp  396  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000561178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0064  16S ribosomal RNA  81.02 
 
 		 1547 bp  396  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000356751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0059  16S ribosomal RNA  81.02 
 
 		 1547 bp  396  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00900498  hitchhiker  0.000470771 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0014  16S ribosomal RNA  81.02 
 
 		 1547 bp  396  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0215019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  81.18 
 
 		 1542 bp  394  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  81.18 
 
 		 1542 bp  394  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2998  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3001  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1517 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3004  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3007  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3013  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3018  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1518 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3021  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1518 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r01  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r04  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r07  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r10  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r13  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r16  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r19  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r22  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r26  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1522 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r30  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1517 bp  394  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0031  16S ribosomal RNA  81.05 
 
 		 1549 bp  389  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143019  normal  0.620108 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>