More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CCV52592_r04 on replicon NC_009715
Organism: Campylobacter curvus 525.92



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_R0037  16S ribosomal RNA  89.44 
 
 
1497 bp  1419    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1704  16S ribosomal RNA  94.41 
 
 
1513 bp  1968    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2339  16S ribosomal RNA  97.82 
 
 
1458 bp  2238    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.474601  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0055  16S ribosomal RNA  89.52 
 
 
1497 bp  1427    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2342  16S ribosomal RNA  97.82 
 
 
1458 bp  2238    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2336  16S ribosomal RNA  97.82 
 
 
1458 bp  2238    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_Cj16SA  16S ribosomal RNA  94.41 
 
 
1513 bp  1968    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_Cj16SB  16S ribosomal RNA  94.41 
 
 
1513 bp  1968    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_Cj16SC  16S ribosomal RNA  94.41 
 
 
1513 bp  1968    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.334773  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0517  16S ribosomal RNA  93.79 
 
 
1513 bp  1905    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.635993  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0460  16S ribosomal RNA  93.79 
 
 
1513 bp  1905    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_r06  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1723 bp  3416    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1465  16S ribosomal RNA  93.79 
 
 
1513 bp  1905    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0018  16S ribosomal RNA  86.63 
 
 
1448 bp  1061    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0022  16S ribosomal RNA  86.63 
 
 
1448 bp  1061    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0031  16S ribosomal RNA  86.63 
 
 
1448 bp  1061    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0059  16S ribosomal RNA  86.63 
 
 
1448 bp  1061    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.578298  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1724  16S ribosomal RNA  94.41 
 
 
1513 bp  1968    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.69789  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1711  16S ribosomal RNA  94.26 
 
 
1511 bp  1937    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1275  16S ribosomal RNA  94.34 
 
 
1513 bp  1961    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1800  16S ribosomal RNA  93.4 
 
 
1511 bp  1901    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1524  16S ribosomal RNA  94.34 
 
 
1513 bp  1961    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0032  16S ribosomal RNA  94.34 
 
 
1513 bp  1961    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1803  16S ribosomal RNA  93.4 
 
 
1511 bp  1901    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0148502  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0042  16S ribosomal RNA  89.44 
 
 
1497 bp  1419    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_r01  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1723 bp  3416    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1806  16S ribosomal RNA  93.4 
 
 
1511 bp  1901    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_r04  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1723 bp  3416    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0152  16S ribosomal RNA  95.32 
 
 
1461 bp  1978    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0506  16S ribosomal RNA  95.32 
 
 
1461 bp  1978    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.213034  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0592  16S ribosomal RNA  95.32 
 
 
1461 bp  1978    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.518963  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0052  16S ribosomal RNA  81.37 
 
 
1525 bp  446  9.999999999999999e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00180214  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0016  16S ribosomal RNA  81.37 
 
 
1525 bp  446  9.999999999999999e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.70161  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0014  16S ribosomal RNA  81.34 
 
 
1547 bp  430  1e-118  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0215019  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0059  16S ribosomal RNA  81.34 
 
 
1547 bp  430  1e-118  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00900498  hitchhiker  0.000470771 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0064  16S ribosomal RNA  81.34 
 
 
1547 bp  430  1e-118  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000356751  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0074  16S ribosomal RNA  81.34 
 
 
1547 bp  430  1e-118  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.18727  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0069  16S ribosomal RNA  81.34 
 
 
1547 bp  430  1e-118  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000561178  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4374  16S ribosomal RNA  81.29 
 
 
1534 bp  426  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00157273  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4281  16S ribosomal RNA  81.29 
 
 
1534 bp  426  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00173765  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4538  16S ribosomal RNA  81.29 
 
 
1534 bp  426  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00104444  hitchhiker  0.0000000000260436 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2875  16S ribosomal RNA  81.29 
 
 
1534 bp  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000670664  normal  0.388962 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2770  16S ribosomal RNA  81.29 
 
 
1534 bp  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00496575  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2874  16S ribosomal RNA  81.29 
 
 
1534 bp  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0119912  normal  0.0940886 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4314  16S ribosomal RNA  81.29 
 
 
1534 bp  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00481198  normal  0.279714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0272  16S ribosomal RNA  81.29 
 
 
1534 bp  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000432735  normal  0.505563 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4267  16S ribosomal RNA  81.29 
 
 
1534 bp  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00203607  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3594  16S ribosomal RNA  81.18 
 
 
1534 bp  418  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000134897  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4343  16S ribosomal RNA  81.29 
 
 
1534 bp  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000195321  normal  0.751071 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0277  16S ribosomal RNA  81.29 
 
 
1533 bp  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000147488  normal  0.265457 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3700  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  410  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000788136  normal  0.0665123 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0288  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  410  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00456088  normal  0.440004 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3763  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  410  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00234274  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4388  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  410  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00500579  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2988  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  410  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000444401  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0272  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  410  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0079312  normal  0.924618 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4585  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  410  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000198793  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4116  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  410  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00638866  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4195  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  410  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000110029  normal  0.531054 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  81.18 
 
 
1530 bp  408  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4222  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  400  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00108755  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4101  16S ribosomal RNA  80.97 
 
 
1534 bp  402  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000255406  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4464  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  400  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00131676  hitchhiker  0.0000000000183145 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4172  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  400  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00219023  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3666  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  400  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00014724  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3592  16S ribosomal RNA  80.97 
 
 
1533 bp  402  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000422776  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0291  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1532 bp  400  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000859505  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4511  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  400  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00904207  normal  0.512645 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2854  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  400  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00100225  normal  0.582574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4461  16S ribosomal RNA  81.08 
 
 
1534 bp  400  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00798027  hitchhiker  0.0013026 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4218  16S ribosomal RNA  80.97 
 
 
1534 bp  402  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000122042  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4509  16S ribosomal RNA  80.86 
 
 
1534 bp  394  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00650936  normal  0.0273427 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  80.94 
 
 
1518 bp  381  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  80.94 
 
 
1518 bp  381  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  80.94 
 
 
1518 bp  381  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  80.94 
 
 
1518 bp  381  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  80.94 
 
 
1518 bp  381  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  80.6 
 
 
1585 bp  383  1e-103  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  80.6 
 
 
1610 bp  383  1e-103  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  80.6 
 
 
1610 bp  383  1e-103  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  80.6 
 
 
1610 bp  383  1e-103  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  80.6 
 
 
1586 bp  383  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  80.6 
 
 
1586 bp  383  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  80.6 
 
 
1586 bp  383  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  80.6 
 
 
1586 bp  383  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0043  16S ribosomal RNA  79.53 
 
 
1474 bp  351  4e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000929778  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0006  16S ribosomal RNA  79.53 
 
 
1474 bp  351  4e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00882532  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00010  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1542 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00367496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00014  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1542 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0514001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00017  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1542 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0241491  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5192  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1542 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000071971  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4789  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1542 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000619184  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0031  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1534 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00290684  decreased coverage  0.000000418388 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0105  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1534 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.58574  normal  0.0914989 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0113  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1534 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.018093  hitchhiker  0.0039811 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4457  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1542 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00048564  hitchhiker  0.00449395 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4601  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1542 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000289022  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5081  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1542 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000910172  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5078  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1542 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000353603  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5056  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 
1542 bp  345  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0380843  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>