41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7129 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  100 
 
 		 435 aa  905    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  50.7 
 
 		 432 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  50.58 
 
 		 429 aa  427  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  50.47 
 
 		 432 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  48.41 
 
 		 421 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  47.74 
 
 		 421 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  47.99 
 
 		 421 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  45.56 
 
 		 421 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  46 
 
 		 433 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  47.55 
 
 		 426 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  46.62 
 
 		 429 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  46.7 
 
 		 429 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  46.65 
 
 		 431 aa  368  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  46.46 
 
 		 431 aa  368  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  46.65 
 
 		 431 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  45.88 
 
 		 427 aa  363  3e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  45.75 
 
 		 422 aa  359  6e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  45.63 
 
 		 415 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  46.63 
 
 		 435 aa  356  3.9999999999999996e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  44.64 
 
 		 420 aa  351  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  43.53 
 
 		 433 aa  351  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  35.58 
 
 		 428 aa  264  2e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  34.02 
 
 		 398 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  33.57 
 
 		 423 aa  239  5e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  33.6 
 
 		 412 aa  238  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  33.57 
 
 		 435 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  32.82 
 
 		 398 aa  233  6e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  34.11 
 
 		 405 aa  224  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  33.42 
 
 		 427 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  32.65 
 
 		 396 aa  210  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  32.76 
 
 		 406 aa  179  5.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  29.53 
 
 		 437 aa  177  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  38.3 
 
 		 392 aa  97.4  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  32.58 
 
 		 389 aa  95.9  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.97 
 
 		 348 aa  53.9  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.97 
 
 		 348 aa  53.9  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 355 aa  46.6  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  24.49 
 
 		 373 aa  45.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  26.53 
 
 		 373 aa  44.7  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0022  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 417 aa  44.3  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.68503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 351 aa  43.9  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>