34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1385 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_2793  type I restriction-modification system, M subunit  88.75 
 
 		 1578 bp  1709    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1385    100 
 
 		 1583 bp  3138    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2418  N-6 DNA methylase  88.75 
 
 		 1578 bp  1709    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.572428  normal  0.0719197 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2453  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  78.72 
 
 		 1617 bp  87.7  0.000000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.53896  normal  0.845275 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3767  N-6 DNA methylase  91.18 
 
 		 1695 bp  87.7  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1858  N-6 DNA methylase  81.94 
 
 		 1623 bp  85.7  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0286  N4/N6-methyltransferase family protein  91.38 
 
 		 1710 bp  75.8  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4777  N-6 DNA methylase  90.32 
 
 		 1554 bp  75.8  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.797401  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2509  site-specific DNA-methyltransferase  87.32 
 
 		 1623 bp  69.9  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.847656  normal  0.642426 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0834    89.83 
 
 		 1511 bp  69.9  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3380  N-6 DNA methylase  86.49 
 
 		 1713 bp  67.9  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.368642  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1940  N-6 DNA methylase  87.14 
 
 		 1608 bp  67.9  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0625168  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3006  N-6 DNA methylase  90.57 
 
 		 1563 bp  65.9  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.809429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1096  N-6 DNA methylase  91.84 
 
 		 1632 bp  65.9  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0005  type I restriction-modification system, M subunit  86.96 
 
 		 1587 bp  65.9  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2435    87.5 
 
 		 102 bp  63.9  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000000100827  hitchhiker  0.00000000589408 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1809  hypothetical protein  86.11 
 
 		 2550 bp  63.9  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3300  N-6 DNA methylase  84.09 
 
 		 1614 bp  63.9  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500405 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2809  hypothetical protein  87.5 
 
 		 102 bp  63.9  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0166891  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2017  N-6 DNA methylase  85.53 
 
 		 1554 bp  63.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.54323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4931  type I restriction-modification system, M subunit  80.27 
 
 		 1620 bp  61.9  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.748503  normal  0.593383 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4006  N-6 DNA methylase  87.3 
 
 		 1545 bp  61.9  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1086  type I restriction-modification system, M subunit  84.81 
 
 		 1731 bp  61.9  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2286    90 
 
 		 1575 bp  60  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.204488  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3128  N-6 DNA methylase  92.86 
 
 		 1557 bp  60  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.465456  decreased coverage  0.00982418 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0032  N-6 DNA methylase  88.46 
 
 		 1635 bp  56  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.885751  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  89.58 
 
 		 1512 bp  56  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2743  type I restriction system adenine methylase  86.44 
 
 		 1557 bp  54  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 1497 bp  52  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4307  aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase  100 
 
 		 1056 bp  48.1  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 1497 bp  48.1  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2789  N-6 DNA methylase  91.67 
 
 		 1599 bp  48.1  0.008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.206405 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1102  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  93.75 
 
 		 1647 bp  48.1  0.008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.358797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7556  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  88.64 
 
 		 1635 bp  48.1  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>