199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_R0026 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_R0026  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000983992  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0034  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000193112  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0125  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000032683  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0128  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000459259  normal  0.192833 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000830942  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000378723  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000201379  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0038  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000161182  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0031  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000967357  normal  0.0254093 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000026454  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000229594  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109758  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000402123  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t013  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114065  hitchhiker  0.000000000483497 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t108  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000118343  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0134  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000283847  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0131  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542069  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000771704  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0100  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000240677  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0066  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00279413  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0062  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000650555  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0329  tRNA-Met  98 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000153412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0032  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000831848  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0035  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000293929  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4255  tRNA-Met  98 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1357e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4259  tRNA-Met  98 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.0089e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0031  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000375201  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0332  tRNA-Met  98 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0065  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0370622  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0031  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.240758  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0028  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000167131  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0061  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0156851  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0027  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155792  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0035  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0006  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0111825  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0044  tRNA-Met  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000282394  normal  0.033686 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0091  tRNA-Met  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.62007  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3154t  tRNA-Met  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000967763  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0048  tRNA-Met  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000017739  normal  0.0157813 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0049  tRNA-Met  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00205425  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0044  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0044  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3562  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.820141  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3567  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna147  tRNA-Met  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna132  tRNA-Met  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3149t  tRNA-Met  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna135  tRNA-Met  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000774984  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01238  tRNA-Met  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01240  tRNA-Met  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01243  tRNA-Met  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1767  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143929  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna143  tRNA-Met  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000903927  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0069  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.439816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0074  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.135637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0002  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0051  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.105728  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0046  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00014  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000132366  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5019  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000540299  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t17  tRNA-Met  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16035  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t17  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0071  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0074  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000108683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R76  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.121192  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0388  tRNA-Met  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000012647  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0579  tRNA-Met  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000127758  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0828  tRNA-Met  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000835761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0032  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.759333 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet03  tRNA-Met  92 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00892587  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0793  tRNA-Met  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00146175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0785  tRNA-Met  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000059431  normal  0.369596 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4654  tRNA-Met  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.94372e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1763  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111546  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1771  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000741128  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0734  tRNA-Met  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5015  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000219916  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0028  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.93116  normal  0.348854 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0738  tRNA-Met  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000396563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0832  tRNA-Met  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000791902  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>