298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_R0106 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.45591e-10  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  7.71704e-07  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0100  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.40677e-09  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.6454e-07  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.10016e-07  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.24362e-08  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.30942e-09  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.7089e-10  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0031  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  9.67357e-10  normal  0.0254093 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.78723e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.01379e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.53856e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.29594e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0038  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000161182  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.81749e-07  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t013  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.14065e-08  hitchhiker  4.83497e-10 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  4.02123e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.85548e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t108  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.18343e-09  hitchhiker  5.2642e-10 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  9.25479e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.26363e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.09758e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  8.49976e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0131  tRNA-Met  97.26 
 
 
77 bp  129  1e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  5.42069e-08  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0134  tRNA-Met  97.26 
 
 
77 bp  129  1e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.83847e-09  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0034  tRNA-Met  97.14 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000193112  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0026  tRNA-Met  97.14 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.83992e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0128  tRNA-Met  95.71 
 
 
77 bp  115  2e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  4.59259e-09  normal  0.192833 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0125  tRNA-Met  95.71 
 
 
77 bp  115  2e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  3.2683e-05  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0065  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0370622  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0031  tRNA-Met  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.240758  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0035  tRNA-Met  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  2.93929e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0091  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.62007  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0329  tRNA-Met  96.49 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.53412e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0061  tRNA-Met  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0156851  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0044  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4259  tRNA-Met  96.49 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.0089e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0028  tRNA-Met  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  1.67131e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0332  tRNA-Met  96.49 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.36063e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0032  tRNA-Met  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  8.31848e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0044  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4255  tRNA-Met  96.49 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1357e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0027  tRNA-Met  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155792  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0031  tRNA-Met  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  3.75201e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0062  tRNA-Met  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000650555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0066  tRNA-Met  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00279413  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet03  tRNA-Met  89.61 
 
 
80 bp  89.7  9e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00892587  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0044  tRNA-Met  92.31 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.82394e-05  normal  0.033686 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0048  tRNA-Met  92.31 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.7739e-06  normal  0.0157813 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0035  tRNA-Met  92.06 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0006  tRNA-Met  93.1 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0111825  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3154t  tRNA-Met  93.1 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  9.67763e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01240  tRNA-Met  92.98 
 
 
74 bp  81.8  2e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01238  tRNA-Met  92.98 
 
 
74 bp  81.8  2e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1767  tRNA-Met  90.77 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.43929e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01243  tRNA-Met  92.98 
 
 
74 bp  81.8  2e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna147  tRNA-Met  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  8.33162e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  90.77 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna143  tRNA-Met  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.03927e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna135  tRNA-Met  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  7.74984e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna132  tRNA-Met  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  7.90983e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  97.73 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0002  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0049  tRNA-Met  91.53 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00205425  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3149t  tRNA-Met  91.38 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  7.67874e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3567  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3562  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.820141  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4650  tRNA-Met  91.23 
 
 
79 bp  73.8  5e-12  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.49948e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0688  tRNA-Met  91.23 
 
 
79 bp  73.8  5e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.20772e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0073  tRNA-Met  93.88 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  8.19508e-06  normal  0.0429545 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0759  tRNA-Met  91.23 
 
 
79 bp  73.8  5e-12  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  7.82067e-06  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt17  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt17  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0692  tRNA-Met  91.23 
 
 
79 bp  73.8  5e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  5.20696e-11  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00014  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.32366e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0763  tRNA-Met  91.23 
 
 
79 bp  73.8  5e-12  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.6187e-08  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00010  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.07047e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0061  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.99234e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0074  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.08683e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0035  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  3.30461e-09  hitchhiker  0.000751114 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0031  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  6.29379e-08  hitchhiker  0.000794999 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1763  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.11546e-14  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0065  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0071  tRNA-Met  93.88 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  1.2956e-06  normal  0.0431401 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1771  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.41128e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0078  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  2.44177e-08  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0785  tRNA-Met  91.23 
 
 
79 bp  73.8  5e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  5.9431e-06  normal  0.369596 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0734  tRNA-Met  91.23 
 
 
79 bp  73.8  5e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  5.72043e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0738  tRNA-Met  91.23 
 
 
79 bp  73.8  5e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  3.96563e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0828  tRNA-Met  91.23 
 
 
79 bp  73.8  5e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  8.35761e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0781  tRNA-Met  91.23 
 
 
79 bp  73.8  5e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  7.29773e-05  normal  0.532094 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>