298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_R0024 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0249185  hitchhiker  0.00249648 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0024  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.409216  normal  0.339151 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0022  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.692684  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02886  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.96324  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2318  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0283125  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.752155  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1953  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2476  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2123  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0039  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.654664  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3351  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0607256  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1228  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0042  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.408267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2359  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0013  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.459697  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0013  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.557667  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0016  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0267125  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0036  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.429203  normal  0.313017 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0050  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0049  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.443386 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0050  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293545  normal  0.0134461 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0021  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0415147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0100  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0050  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260163  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0048  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.117873  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0058  tRNA-Val  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.400004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0044  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0017  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0022  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0037  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599971  normal  0.116724 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0032  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000419269  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R10  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0029  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000448285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0032  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.69442e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0047  tRNA-Val  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.530406  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0049  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0385641  normal  0.0854931 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-1  tRNA-Val  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00200335  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0053  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.113148  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  91.84 
 
 		 378 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt21  tRNA-Val  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  91.84 
 
 		 367 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt21  tRNA-Val  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0051  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114614  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0047  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0721509  normal  0.0848173 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0055  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.100813  normal  0.0566569 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0045  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000428882  hitchhiker  0.00000000692947 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0023  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000500863  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0025  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000443719  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0057  tRNA-Val  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00234927  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0058  tRNA-Val  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00230233  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0059  tRNA-Val  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00221278  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3218  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.229381  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3219  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.232653  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3220  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0584974  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3221  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0555277  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3222  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.055188  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3223  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0588431  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0077  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.035914  normal  0.156814 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0078  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0323517  normal  0.156199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0079  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101536  normal  0.15355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0080  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273364  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0081  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.277615  normal  0.0524601 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0082  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.278662  normal  0.0519347 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0083  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.380534  normal  0.052943 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0046  tRNA-Val  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000479411  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0048  tRNA-Val  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000458542  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0027  tRNA-Val  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0014  tRNA-Lys  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000717707 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0028  tRNA-Lys  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000473663  hitchhiker  0.000687264 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0052  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000137415  normal  0.324257 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0032  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121865  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1335  hypothetical protein  96.43 
 
 		 207 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0040  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>