62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0010 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0010  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  100 
 
 
54 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.529923  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2394  cytochrome oxidase maturation protein cbb3-type  69.57 
 
 
49 aa  75.5  2e-13  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0008  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  83.72 
 
 
59 aa  75.1  3e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0737  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  90 
 
 
55 aa  72.4  2e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.95036  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0462  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  67.39 
 
 
52 aa  67  7e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4955  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  57.14 
 
 
52 aa  67  7e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000981596  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5928  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  67.44 
 
 
68 aa  65.5  2e-10  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.657419 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5023  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  58.7 
 
 
52 aa  65.1  3e-10  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.156447  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1156  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  60.47 
 
 
74 aa  60.8  5e-09  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.206736  normal  0.0826721 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5919  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  56 
 
 
87 aa  59.7  1e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.662161 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2256  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  57.69 
 
 
56 aa  59.7  1e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0217106  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6714  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  57.14 
 
 
45 aa  60.1  1e-08  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1525  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  71.79 
 
 
55 aa  58.5  3e-08  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3323  cytochrome oxidase maturation protein cbb3-type  64.86 
 
 
71 aa  56.2  1e-07  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0243934  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7464  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  52.38 
 
 
45 aa  55.1  3e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182842  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2571  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  52.27 
 
 
49 aa  54.3  5e-07  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.831521  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0772  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44.83 
 
 
80 aa  51.2  4e-06  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.18869e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2798  nitrogen fixation protein fixS  92 
 
 
57 aa  51.6  4e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.155264  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0689  RdxS, cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  52.08 
 
 
52 aa  50.8  6e-06  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.122568  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2344  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  52.08 
 
 
52 aa  50.8  6e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.005747  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0541  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  54.17 
 
 
52 aa  50.8  7e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1791  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  42.86 
 
 
78 aa  49.3  2e-05  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2993  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44.23 
 
 
69 aa  48.9  3e-05  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0165  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44.23 
 
 
73 aa  48.5  3e-05  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0466  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  84.62 
 
 
69 aa  48.1  4e-05  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160006  normal  0.286886 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1178  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  48 
 
 
67 aa  47.8  6e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1472  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  46.67 
 
 
100 aa  47.4  7e-05  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0256438  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0946  hypothetical protein  44.68 
 
 
100 aa  47  9e-05  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2217  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  34.69 
 
 
61 aa  46.2  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2359  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  42.59 
 
 
65 aa  45.4  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.98342 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0371  cytochrome oxidase maturation protein, Cbb3-type  71.74 
 
 
52 aa  45.4  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.156839  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0356  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  71.74 
 
 
52 aa  45.4  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0668  nitrogen fixation protein fixS  45.83 
 
 
52 aa  45.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1226  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  46.15 
 
 
64 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.012112  normal  0.558991 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2537  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  40.82 
 
 
52 aa  45.4  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.544754  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0933  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  36.54 
 
 
70 aa  45.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.177633  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2067  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  33.33 
 
 
82 aa  45.4  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2415  secretion protein HlyD  35.19 
 
 
68 aa  45.1  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1340  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  53.66 
 
 
66 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.131657  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1238  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  53.66 
 
 
66 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0013  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  79.41 
 
 
58 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.277873  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0712  cytochrome oxidase maturation protein cbb3-type  43.48 
 
 
63 aa  44.3  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.20002e-08  normal  0.26244 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1569  cytochrome oxidase maturation protein (cbb3-t)  34.62 
 
 
56 aa  43.9  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.246942  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3850  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  45.65 
 
 
51 aa  43.9  0.0008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1052  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  46.15 
 
 
71 aa  43.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02297  hypothetical protein  31.37 
 
 
54 aa  43.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1874  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  35.29 
 
 
77 aa  43.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.308145  normal  0.762783 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1370  cytochrome oxidase maturation protein cbb3-type  36.73 
 
 
54 aa  43.5  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.938434  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1963  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  33.33 
 
 
65 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00735712 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1276  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  43.18 
 
 
84 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1795  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  57.14 
 
 
49 aa  42  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1815  cytochrome oxidase maturation protein cbb3-type  40.43 
 
 
70 aa  41.2  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2358  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  35.42 
 
 
67 aa  41.6  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1991  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  35.56 
 
 
61 aa  41.6  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3666  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  69.23 
 
 
49 aa  41.2  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.306098 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4262  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  42.55 
 
 
71 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336957  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2012  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  33.33 
 
 
66 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  2.91515e-09 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1364  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  45.83 
 
 
59 aa  40.8  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.540828 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2113  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  33.33 
 
 
66 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.110001  normal  0.234091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1606  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  42.55 
 
 
71 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0765964  normal  0.010544 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2082  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  34.78 
 
 
63 aa  40.4  0.008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000292498  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2220  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  29.55 
 
 
69 aa  40.4  0.008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.482957  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>