252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_tSer01 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 87 bp  91.7  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  89.7  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  89.55 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  97.62 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  97.62 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  93.88 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  93.88 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    85.06 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna125  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.714037  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01622  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 85 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1356  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00596474  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2234  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0026  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.215798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>