21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5911 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_5911  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
115 aa  233  6e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116094  decreased coverage  0.00152039 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2886  transcriptional regulator, ArsR family  36.04 
 
 
120 aa  68.9  2e-11  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23508  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1838  LuxR family transcriptional regulator  45.95 
 
 
122 aa  64.7  4e-10  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3531  regulatory protein, ArsR  37.84 
 
 
339 aa  60.5  8e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2057  LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
137 aa  59.7  1e-08  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.773871 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1088  hypothetical protein  37.37 
 
 
116 aa  55.5  2e-07  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.69359e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2663  hypothetical protein  34.38 
 
 
114 aa  55.8  2e-07  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.525352 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2913  hypothetical protein  33.68 
 
 
114 aa  55.1  3e-07  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1947  transcriptional regulator, ArsR family  35 
 
 
119 aa  54.3  5e-07  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1792  hypothetical protein  30.39 
 
 
115 aa  54.3  6e-07  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2168  LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
122 aa  50.8  6e-06  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4057  hypothetical protein  36.36 
 
 
111 aa  50.4  8e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0486506  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1727  hypothetical protein  34.18 
 
 
111 aa  49.3  2e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0576246 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0270  hypothetical protein  30.1 
 
 
111 aa  49.3  2e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.190773  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0035  hypothetical protein  29.89 
 
 
116 aa  48.5  3e-05  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0749  hypothetical protein  39.24 
 
 
111 aa  47.8  5e-05  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0725  hypothetical protein  36.14 
 
 
111 aa  47.8  5e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.617739 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3258  hypothetical protein  34.18 
 
 
115 aa  47  8e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317122  normal  0.791915 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1872  LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
120 aa  47  9e-05  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.633218 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1442  group I intron GIY-YIG endonuclease  27.84 
 
 
253 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.49495e-10 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1268  group I intron GIY-YIG endonuclease  27.84 
 
 
253 aa  46.2  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>