More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I3168t on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I3168t  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  161  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3207t  tRNA-Tyr  98.77 
 
 		 81 bp  153  7e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0563071  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3167t  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  147  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000658084  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3169t  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  147  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000963537  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0006  tRNA-Tyr  96.3 
 
 		 84 bp  137  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000157538  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0011  tRNA-Tyr  96.3 
 
 		 84 bp  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0062  tRNA-Tyr  96.3 
 
 		 84 bp  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0437  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000091753  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00236  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 82 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna127  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000596133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01442  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 82 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna126  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000620596  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01441  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 82 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01440  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 82 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna128  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000522671  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna049  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000729989  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01443  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 82 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0012  tRNA-Tyr  91.36 
 
 		 84 bp  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000365391  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0008  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 84 bp  103  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000321728  hitchhiker  0.00000918644 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0083  tRNA-Tyr  92.86 
 
 		 84 bp  99.6  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000812357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0107  tRNA-Tyr  92.86 
 
 		 84 bp  99.6  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000302226  hitchhiker  0.0000021052 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  90.24 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 83 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 83 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 83 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0047  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0039  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 83 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0050  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0155  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000720201  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0071  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719638  normal  0.0567471 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0072  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.554165  normal  0.0570473 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0072  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.926918 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t006  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000887423  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60020  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 82 bp  83.8  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  97.83 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  97.83 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0117  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.439512  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t074  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00586158  normal  0.155604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t076  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00524716  normal  0.153954 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t077  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00521394  normal  0.158484 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4783  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0161693  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>