18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2068 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2068  hypothetical protein  100 
 
 		 187 aa  374  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.760531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3196  hypothetical protein  37.87 
 
 		 185 aa  101  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.168948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1442  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component-like protein  30.77 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04933  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system permease component  26.84 
 
 		 180 aa  53.1  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0071  DctQ (C4-dicarboxylate permease, small subunit)  26.45 
 
 		 162 aa  49.7  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_004530  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  25.66 
 
 		 160 aa  48.9  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.001147  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2482  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.56 
 
 		 177 aa  45.1  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.342884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3762  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.03 
 
 		 168 aa  44.3  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736522  decreased coverage  0.00483087 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3781  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  26 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4074  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  26 
 
 		 157 aa  41.6  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03429  predicted transporter  26 
 
 		 157 aa  41.6  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3900  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  26 
 
 		 157 aa  41.6  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3945  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  26 
 
 		 157 aa  41.6  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03380  hypothetical protein  26 
 
 		 157 aa  41.6  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0133  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26 
 
 		 157 aa  41.6  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3397  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.12 
 
 		 234 aa  41.6  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4915  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  23.94 
 
 		 175 aa  41.6  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.2 
 
 		 182 aa  41.2  0.009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>