13 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0029 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_R0029    100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0049    98.82 
 
 		 91 bp  161  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00033413 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0027    100 
 
 		 104 bp  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0045    100 
 
 		 106 bp  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00980767  normal  0.881975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA5  gcvT  97.87 
 
 		 107 bp  85.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0695267 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0054    100 
 
 		 101 bp  81.8  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0027    95.74 
 
 		 96 bp  77.8  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0644727  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1349  hypothetical protein  95.56 
 
 		 312 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182207  normal  0.0354453 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0041    97.73 
 
 		 104 bp  71.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.126123 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0033    95.74 
 
 		 97 bp  69.9  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.107388  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0042    100 
 
 		 106 bp  67.9  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0016    92.16 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634064  normal  0.45322 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4006  hypothetical protein  94.74 
 
 		 141 bp  60  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.572543  normal  0.675332 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>