13 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0042 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_R0042    100 
 
 		 106 bp  210  5e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA5  gcvT  97.56 
 
 		 107 bp  73.8  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0695267 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0045    100 
 
 		 106 bp  67.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00980767  normal  0.881975 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0049    100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00033413 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0054    100 
 
 		 101 bp  67.9  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0029    100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0027    100 
 
 		 104 bp  67.9  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0033    100 
 
 		 97 bp  63.9  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.107388  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1349  hypothetical protein  93.62 
 
 		 312 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182207  normal  0.0354453 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0027    97.06 
 
 		 96 bp  60  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0644727  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0041    97.14 
 
 		 104 bp  54  0.000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.126123 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4006  hypothetical protein  94.12 
 
 		 141 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.572543  normal  0.675332 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0016    94.12 
 
 		 82 bp  44.1  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634064  normal  0.45322 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>