17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_R0012 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_R0012  tRNA-OTHER  100 
 
 
106 bp  210  5e-53  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_R0004  tRNA-OTHER  90.65 
 
 
105 bp  119  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_R0018  tRNA-OTHER  91.67 
 
 
107 bp  119  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.68509 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 
72 bp  75.8  0.000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0112576 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 
72 bp  75.8  0.000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.65986  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0036  tRNA-Ala  100 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_R0010  tRNA-OTHER  89.09 
 
 
117 bp  61.9  0.00000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 
72 bp  60  0.0000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0464601  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0015  tRNA-Ala  100 
 
 
75 bp  60  0.0000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.794494  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 
72 bp  60  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.759432  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 
72 bp  60  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.805604 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0042  tRNA-OTHER  100 
 
 
96 bp  56  0.000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.36333 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  56  0.000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0010  tRNA-Ala  94.59 
 
 
77 bp  52  0.00003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.51045  hitchhiker  0.0091927 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_R0009  tRNA-OTHER  93.55 
 
 
119 bp  46.1  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0036  tRNA-OTHER  100 
 
 
108 bp  46.1  0.002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_R0013  tRNA-OTHER  93.33 
 
 
116 bp  44.1  0.007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.689744 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>