169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0071 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0071  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.99894  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0077  tRNA-Val  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00426255  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4228  tRNA-Val  93.44 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000102748  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2581  tRNA-Val  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0567199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0075  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00433017  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1556  tRNA-Val  93.22 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1519  tRNA-Val  93.22 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000581354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1751  tRNA-Val  93.22 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000295955  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1533  tRNA-Val  93.22 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.102488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0076  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00448767  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4229  tRNA-Val  93.22 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000067821  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4230  tRNA-Val  93.22 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000689927  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1920  tRNA-Val  93.22 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0104306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2580  tRNA-Val  93.22 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0938444  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05795  tRNA-OTHER  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0025  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0010  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.116783  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0021  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0026  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.211344  normal  0.0167997 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0017  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00286264  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0049  tRNA-Val  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00100813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0010  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00245461  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0027  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.543066  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0029  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0528689 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0032  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.100652  normal  0.0918353 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0050  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0857362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0047  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.877588  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0022  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.766553  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0076  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.369233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0015  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000941457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0080  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0217837  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0029  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0026  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.478102  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0029  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.804432  normal  0.0419406 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0041  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.352531  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0016  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0039  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0358134  normal  0.456153 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0042  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.921175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0054  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0045  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0020  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.649475  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0033  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0054  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0041  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000251829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0042  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00372557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0043  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0045  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00877282  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0017  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000274688  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00027  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.825713  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00028  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.813226  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0047  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347676  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0048  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000092114  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0053  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452595  hitchhiker  0.000000169384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t55  tRNA-Val  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t56  tRNA-Val  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1520  tRNA-Val  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00188804  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t34  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0987104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t35  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0521138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA41  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.179382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA42  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191671  normal  0.176048 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1531  tRNA-Val  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000929457  hitchhiker  0.00112826 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R39  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0141809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2149  tRNA-Val  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000169486  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2148  tRNA-Val  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000010936  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60190  tRNA-Val  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0053  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1750  tRNA-Val  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000307379  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2379  tRNA-Val  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000292558  hitchhiker  0.00911124 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0045  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.431879  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2378  tRNA-Val  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000316536  hitchhiker  0.00924941 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0041  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.777781  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0052  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0042  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0046  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0032  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  normal  0.0470696 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0034  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1201  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0742483  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1202  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0491839  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0053  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0699636  normal  0.799268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0054  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0691597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1534  tRNA-Val  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0495924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1557  tRNA-Val  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.939336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0045  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191089 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0071  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193392 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1532  tRNA-Val  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000254029  hitchhiker  0.00110314 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0070  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256886 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4667  tRNA-Val  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334967  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5035  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000158599  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5036  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000151572  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0046  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020068 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0061  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000225678  hitchhiker  0.00000327406 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0062  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000022739  hitchhiker  0.00000336445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0063  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000215806  hitchhiker  0.00000333382 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1919  tRNA-Val  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0105703  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>