30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1320 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1320  sodium pump decarboxylase, gamma subunit  100 
 
 		 98 aa  201  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.219843  hitchhiker  0.0088654 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3337  sodium pump decarboxylase, gamma subunit  74.07 
 
 		 81 aa  123  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000602904 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1219  sodium pump decarboxylases, gamma subunit  59.76 
 
 		 82 aa  94  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000225864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1198  sodium pump decarboxylase, gamma subunit  56.79 
 
 		 81 aa  90.9  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0495339  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2987  sodium pump decarboxylases, gamma subunit  40.82 
 
 		 95 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.809625 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1065  sodium pump decarboxylases, gamma subunit  59.26 
 
 		 80 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3166  sodium pump decarboxylases, gamma subunit  45.68 
 
 		 85 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3069  sodium pump decarboxylases, gamma subunit  42.35 
 
 		 85 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.692299 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1125  sodium pump decarboxylase, gamma subunit  39.33 
 
 		 88 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.65585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3267  sodium pump decarboxylase, gamma subunit  39.53 
 
 		 88 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0150987 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1024  sodium pump decarboxylase, gamma subunit  39.13 
 
 		 100 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1091  sodium pump decarboxylase, gamma subunit  39.33 
 
 		 88 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1029  sodium pump decarboxylase, gamma subunit  42.53 
 
 		 88 aa  61.2  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1051  oxaloacetate decarboxylase, gamma subunit  48.15 
 
 		 85 aa  57  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000671999  normal  0.540867 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002524  oxaloacetate decarboxylase gamma chain  35.37 
 
 		 85 aa  57  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0628389  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03492  oxaloacetate decarboxylase subunit gamma  33.33 
 
 		 92 aa  55.8  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3624  sodium pump decarboxylase, gamma subunit  44.59 
 
 		 83 aa  54.7  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000194054  decreased coverage  0.0000000418029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1048  oxaloacetate decarboxylase, gamma subunit  40.23 
 
 		 92 aa  54.3  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.299241  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0692  sodium pump decarboxylase, gamma subunit  41.67 
 
 		 80 aa  50.4  0.000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0970  sodium pump decarboxylases, gamma subunit  32.5 
 
 		 83 aa  47.8  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.134882  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0638  oxaloacetate decarboxylase subunit gamma  34.15 
 
 		 83 aa  45.8  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.471241  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1305  ribonuclease D  37.33 
 
 		 80 aa  45.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00021107  normal  0.0271144 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1739  sodium pump decarboxylase gamma subunit  33.33 
 
 		 83 aa  44.3  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.301356 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3377  oxaloacetate decarboxylase subunit gamma  43.04 
 
 		 82 aa  43.5  0.0009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0177539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3013  sodium pump decarboxylases, gamma subunit  36.23 
 
 		 109 aa  43.5  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0628711  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3195  sodium pump decarboxylases, gamma subunit  34.15 
 
 		 81 aa  41.6  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.139992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3713  oxaloacetate decarboxylase subunit gamma  34.67 
 
 		 80 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0061  oxaloacetate decarboxylase subunit gamma  34.67 
 
 		 79 aa  40  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.493404 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0062  oxaloacetate decarboxylase subunit gamma  34.67 
 
 		 79 aa  40  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0061  oxaloacetate decarboxylase subunit gamma  34.67 
 
 		 79 aa  40  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.979623  normal  0.547366 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>