59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2668 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2668  PspA/IM30  100 
 
 		 229 aa  450  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.638244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0623  phage shock protein A, PspA  89.04 
 
 		 228 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.865812  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3765  hypothetical protein  87.28 
 
 		 229 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3091  phage shock protein A, PspA  85.59 
 
 		 229 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0777554  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0697  PspA/IM30  86.46 
 
 		 229 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000488945  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0827  phage shock protein A, PspA  87.72 
 
 		 229 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0888  phage shock protein A, PspA  85.53 
 
 		 229 aa  394  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0755885  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0912  phage shock protein A, PspA  85.53 
 
 		 229 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0749469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3450  phage shock protein A, PspA  85.53 
 
 		 229 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.613908  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0858  phage shock protein A, PspA  86.4 
 
 		 229 aa  394  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.706037 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3266  phage shock protein A, PspA  83.84 
 
 		 229 aa  394  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.942546  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0922  phage shock protein A, PspA  85.53 
 
 		 229 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3114  phage shock protein A, PspA  85.96 
 
 		 229 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.139469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0722  phage shock protein A, PspA  84.65 
 
 		 228 aa  382  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000273053  hitchhiker  0.000000222893 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3482  phage shock protein A, PspA  82.53 
 
 		 229 aa  382  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0916026  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3838  phage shock protein A, PspA  82.89 
 
 		 228 aa  374  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.867887  unclonable  0.00000000015087 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4191  PspA/IM30 family protein  72.37 
 
 		 229 aa  332  4e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0185  phage shock protein A, PspA  66.52 
 
 		 227 aa  303  1.0000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3389  phage shock protein A, PspA  46.02 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3822  phage shock protein A, PspA  42.11 
 
 		 236 aa  171  9e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.302506  normal  0.194258 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02185  PspA/IM30 family protein  44.44 
 
 		 257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3479  ubiquinone biosynthesis hydroxylase, UbiH/UbiF/VisC/COQ6  41.23 
 
 		 229 aa  159  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.111551  normal  0.0139812 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3703  phage shock protein A, PspA  43.3 
 
 		 232 aa  157  9e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5044  phage shock protein A, PspA  41.26 
 
 		 232 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0169336 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3786  PspA/IM30 family protein  41.56 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634391  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1693  PspA/IM30  41.99 
 
 		 235 aa  149  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.509577  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1388  hypothetical protein  43.36 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0883629  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16150  hypothetical protein  43.36 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1404  phage shock protein A, PspA  38.6 
 
 		 241 aa  132  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.792709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1224  phage shock protein A, PspA  34.82 
 
 		 226 aa  123  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01340  Phage shock protein A (IM30), suppresses sigma54-dependent transcription  36.61 
 
 		 226 aa  122  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5273  phage shock protein A, PspA  33.48 
 
 		 244 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0710942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5368  hypothetical protein  33.04 
 
 		 253 aa  105  8e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4426  PspA/IM30 family protein  34.76 
 
 		 232 aa  102  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04049  predicted transcriptional regulator effector protein  34.76 
 
 		 232 aa  101  8e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04011  hypothetical protein  34.76 
 
 		 232 aa  101  8e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3831  phage shock protein A, PspA  34.76 
 
 		 232 aa  101  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000771014 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3811  phage shock protein A, PspA  34.76 
 
 		 232 aa  101  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4742  PspA/IM30 family protein  34.76 
 
 		 232 aa  101  8e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.473518  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4653  PspA/IM30 family protein  34.76 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.618876 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5698  PspA/IM30 family protein  34.33 
 
 		 232 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4649  PspA/IM30 family protein  35.62 
 
 		 232 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4732  PspA/IM30 family protein  35.62 
 
 		 232 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4789  PspA/IM30 family protein  35.62 
 
 		 232 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4768  PspA/IM30 family protein  35.62 
 
 		 232 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5545  phage shock protein A, PspA  33.63 
 
 		 244 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.892809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0677  phage shock protein A, PspA  33.49 
 
 		 228 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.274325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0735  phage shock protein A, PspA  32.88 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1637  phage shock protein A, PspA  29.78 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1604  phage shock protein A, PspA  35.75 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000768774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4580  phage shock protein A, PspA  30.36 
 
 		 233 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0606937  normal  0.0580714 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2993  phage shock protein A, PspA  30.53 
 
 		 225 aa  62.8  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.403474  normal  0.419915 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4514  phage shock protein A, PspA  30.53 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0564095  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3075  phage shock protein A, PspA  29.61 
 
 		 225 aa  53.1  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000922891  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3183  phage shock protein A, PspA  26.29 
 
 		 230 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.170876  normal  0.95857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2957  PspA/IM30 family protein  26.54 
 
 		 230 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0635667 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1343  phage shock protein A, PspA  27.12 
 
 		 235 aa  49.7  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.950161  normal  0.204694 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0216  phage shock protein A, PspA  26.48 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3672  phage shock protein A, PspA  27.71 
 
 		 225 aa  48.1  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000619428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>