20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP_SetmRNA1 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP_SetmRNA1  sRNA  100 
 
 		 359 bp  712    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0025    90.56 
 
 		 361 bp  428  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0024    90.56 
 
 		 359 bp  428  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.712325  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0050    96.88 
 
 		 403 bp  56  0.000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0017    96.88 
 
 		 400 bp  56  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0001    92.11 
 
 		 369 bp  52  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.972861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0056    96.55 
 
 		 359 bp  50.1  0.0004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0189  sRNA  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0045    93.75 
 
 		 403 bp  48.1  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000694892 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0032    93.75 
 
 		 369 bp  48.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0495012 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0032    93.75 
 
 		 369 bp  48.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0507829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0054    93.75 
 
 		 369 bp  48.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.413577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2956  10Sa RNA (tmRNA)  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0958  10Sa RNA (tmRNA)  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.455203  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2584  sRNA  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0016    93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0060    93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1628  sRNA  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3005  sRNA  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tmRNA1  10Sa RNA  93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>