More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1110 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1175  transmembrane ABC transporter protein  88.77 
 
 
374 aa  642    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00089412  normal  0.471731 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
374 aa  755    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.671417 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.59 
 
 
374 aa  691    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0696851 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2127  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  79.61 
 
 
374 aa  548  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.472813  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.38 
 
 
376 aa  543  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.02 
 
 
368 aa  541  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000209026  normal  0.0130851 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1638  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  73.46 
 
 
368 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.488857  normal  0.189782 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2991  ABC transporter, inner membrane subunit  74.11 
 
 
371 aa  518  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400376  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.81 
 
 
371 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1980  ABC transporter, permease protein  74.26 
 
 
349 aa  512  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000012638  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.5 
 
 
367 aa  513  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000782802  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.81 
 
 
367 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.51 
 
 
365 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159328  normal  0.335799 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2545  ABC transporter, permease protein  74.12 
 
 
365 aa  501  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.16354  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.83 
 
 
341 aa  501  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2633  ABC transporter, permease protein  74.12 
 
 
365 aa  501  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000522805  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2491  ABC transporter, permease protein  74.12 
 
 
365 aa  501  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0223413  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.52 
 
 
341 aa  503  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2107  ABC transporter, permease protein  73.61 
 
 
365 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00353314  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3206  ABC transporter, permease protein  73.61 
 
 
365 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0176532  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1380  ABC transporter, permease protein  73.61 
 
 
365 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.25604  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1605  ABC transporter, permease protein  73.61 
 
 
365 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000276043  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.03 
 
 
365 aa  497  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.578437 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2079  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.31 
 
 
365 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0272405  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.31 
 
 
365 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.996581  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.31 
 
 
365 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.056455  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4999  ABC transporter, inner membrane subunit  73.72 
 
 
370 aa  488  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.43 
 
 
365 aa  485  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.576949 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.43 
 
 
365 aa  485  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5369  ABC transporter, inner membrane subunit  72.73 
 
 
365 aa  475  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.26 
 
 
380 aa  473  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00168824  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.9 
 
 
365 aa  473  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.92 
 
 
317 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.848432  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.6 
 
 
365 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.62 
 
 
363 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.3 
 
 
351 aa  468  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.263869  normal  0.632538 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.7 
 
 
379 aa  462  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.122732  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.91 
 
 
379 aa  461  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.129813  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2743  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.69 
 
 
348 aa  458  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.72 
 
 
346 aa  456  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.8 
 
 
376 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.303912 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.37 
 
 
343 aa  434  1e-120  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.120778  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1273  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.07 
 
 
371 aa  420  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000032067 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.17 
 
 
346 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3488  ABC transporter permease  57.01 
 
 
339 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.42 
 
 
339 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0570261  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.82 
 
 
339 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.391891  normal  0.494478 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.23 
 
 
355 aa  394  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29670  oligopeptide ABC transporter, inner membrane permease component  56.97 
 
 
339 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.175174  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.42 
 
 
339 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0100075  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.42 
 
 
339 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.937938  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41150  putative permease of ABC transporter  56.8 
 
 
339 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2179  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.42 
 
 
339 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.52 
 
 
339 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1756  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.33 
 
 
339 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.974792  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1040  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  50.97 
 
 
360 aa  382  1e-105  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.522587 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.68 
 
 
340 aa  384  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.42 
 
 
357 aa  381  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3719  ABC transporter, permease protein  53.73 
 
 
339 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.82 
 
 
368 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0329294  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.69 
 
 
360 aa  372  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.318387 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.43 
 
 
345 aa  370  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0533  putative peptide ABC transporter, permease protein  52.2 
 
 
352 aa  366  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.46 
 
 
347 aa  367  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0202572  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.18 
 
 
402 aa  363  4e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.291012  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2455  inner membrane ABC transporter permease YejE  51.05 
 
 
341 aa  357  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000213093 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2569  inner membrane ABC transporter permease YejE  51.05 
 
 
341 aa  357  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189075 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2367  inner membrane ABC transporter permease protein YejE  51.35 
 
 
341 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0273884  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.45 
 
 
341 aa  357  9.999999999999999e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.02975 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2458  inner membrane ABC transporter permease YejE  51.05 
 
 
341 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.424248  normal  0.739807 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2412  inner membrane ABC transporter permease protein YejE  51.05 
 
 
341 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0468301 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.45 
 
 
340 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0450  putative peptide transport system permease protein  52.2 
 
 
342 aa  356  3.9999999999999996e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.540872  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3075  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.15 
 
 
340 aa  354  2e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3168  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.96 
 
 
346 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.33 
 
 
338 aa  351  1e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.504144  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.85 
 
 
341 aa  349  4e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.152575  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2328  ABC transporter, permease protein  50.15 
 
 
341 aa  349  4e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0125701 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02109  predicted oligopeptide transporter subunit  49.85 
 
 
341 aa  349  5e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501538  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.85 
 
 
341 aa  349  5e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000790283  normal  0.119666 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02068  hypothetical protein  49.85 
 
 
341 aa  349  5e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2317  ABC transporter, permease protein  49.85 
 
 
341 aa  349  5e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2477  ABC transporter, permease protein  49.85 
 
 
341 aa  348  8e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.05 
 
 
341 aa  348  9e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3317  ABC transporter, permease protein  49.55 
 
 
341 aa  348  1e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.655724  normal  0.274397 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0265  peptide ABC transporter, permease protein  48.94 
 
 
340 aa  347  1e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.55 
 
 
341 aa  347  2e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.254964  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.75 
 
 
341 aa  347  3e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0779  ABC transporter, permease protein  49.55 
 
 
341 aa  346  3e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0141  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.94 
 
 
340 aa  347  3e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2904  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50 
 
 
341 aa  346  4e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00718406  normal  0.256251 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.43 
 
 
392 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0307109 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.43 
 
 
392 aa  342  4e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2506  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0843  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.28 
 
 
343 aa  342  4e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.562885  normal  0.0400765 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0291  ABC transporter binding protein inner membrane protein  48.4 
 
 
349 aa  342  4e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7052  oligopeptide ABC transporter membrane protein  46.86 
 
 
391 aa  340  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.25 
 
 
341 aa  340  2e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.91 
 
 
392 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.499236  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3743  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.75 
 
 
340 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.379844  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.66 
 
 
385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>