20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1287 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1287  hypothetical protein  100 
 
 		 384 aa  738    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.272363  normal  0.489405 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1965  hypothetical protein  45.31 
 
 		 390 aa  261  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.241509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2817  HupK protein  44.06 
 
 		 388 aa  237  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4118  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  37.63 
 
 		 391 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2497  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  27.86 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633578  normal  0.13514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1172  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like  37.2 
 
 		 370 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.903456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1164  hydrogenase expression/formation  35.85 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0669591  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2005  hydrogenase expression/formation  32.1 
 
 		 368 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.432728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1167  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  44.21 
 
 		 406 aa  57.8  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.819635  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7257  HupK protein  26.89 
 
 		 336 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.53403  normal  0.383588 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3763  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  42.86 
 
 		 373 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50500  hydrogenase expression/formation protein HoxV  38.78 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.102569  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4563  hypothetical protein  28.46 
 
 		 368 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2020  hypothetical protein  38.55 
 
 		 379 aa  49.7  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.16 
 
 		 480 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2155  HupK  40.78 
 
 		 270 aa  47.4  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.127907 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2181  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  36.59 
 
 		 329 aa  47.8  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.124929  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0504  HupK  40.78 
 
 		 270 aa  47  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1158  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  38.67 
 
 		 329 aa  46.6  0.0007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.846378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1534  hypothetical protein  32.35 
 
 		 101 aa  46.2  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00103217  normal  0.023944 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>