157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2996 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2996  colicin V production protein  100 
 
 		 210 aa  417  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3500  Colicin V production protein  91 
 
 		 211 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2453  colicin V production protein  90.95 
 
 		 208 aa  360  9e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.921002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2283  colicin V production protein  83.1 
 
 		 213 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3788  putative colicin V production protein, cvpA-like (dedE protein) (Pur regulon 18 kDa protein)  82.46 
 
 		 208 aa  348  4e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2292  colicin V production protein  79.23 
 
 		 238 aa  335  2.9999999999999997e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2016  colicin V production protein  76.19 
 
 		 210 aa  332  2e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.535943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2401  colicin V production protein  58.71 
 
 		 234 aa  231  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0448  colicin V production protein, putative  54.45 
 
 		 192 aa  191  5e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0454  putative colicin V production protein  53.3 
 
 		 192 aa  191  5e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2310  colicin V production protein  52.85 
 
 		 191 aa  190  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.530108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0414  Colicin V production protein  55.49 
 
 		 204 aa  190  1e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.728843 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0728  colicin V production protein  52.04 
 
 		 214 aa  188  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.980387  normal  0.959798 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4301  Colicin V production protein  53.77 
 
 		 197 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.678611  normal  0.0583187 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3933  colicin V production protein  53.77 
 
 		 197 aa  180  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.838461  normal  0.0661094 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1500  colicin V production protein  49.74 
 
 		 199 aa  179  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4408  Colicin V production protein  54 
 
 		 198 aa  179  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0984  colicin V production protein  51.6 
 
 		 195 aa  178  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.769176  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3895  colicin V production protein  54.45 
 
 		 202 aa  169  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.507461  normal  0.187677 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0561  colicin V production protein  51.78 
 
 		 191 aa  168  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.245346  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4630  Colicin V production protein  51.02 
 
 		 198 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202655  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2598  colicin V production protein  50 
 
 		 198 aa  151  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.402841  normal  0.0450921 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0487  CvpA protein  40.96 
 
 		 187 aa  149  2e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.457709  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1188  Colicin V production protein  47.98 
 
 		 208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1043  Colicin V production protein  47.98 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3486  colicin V production protein  37.89 
 
 		 232 aa  119  3.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692742 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0405  colicin V production protein  35.22 
 
 		 236 aa  99.4  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0404  colicin V production protein  36.13 
 
 		 187 aa  93.2  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0488  CvpA protein  41.1 
 
 		 155 aa  91.3  9e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.888997  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3940  colicin V production protein  32.18 
 
 		 203 aa  87.8  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1711  colicin V production protein  34.1 
 
 		 189 aa  78.6  0.00000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0296079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3329  colicin V production protein  32.73 
 
 		 166 aa  78.2  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1534  colicin V production protein  33.08 
 
 		 169 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.452834  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0356  colicin V production protein  33.08 
 
 		 169 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1425  colicin V production protein  33.08 
 
 		 169 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2794  colicin V production protein  33.08 
 
 		 166 aa  73.9  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2130  putative colicin V production protein  36.57 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1470  colicin V production protein  33.08 
 
 		 166 aa  73.2  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4093  colicin V production protein  28.42 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.799722  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1343  Colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  72  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0732005  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2691  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  72  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1373  colicin V production protein  32.31 
 
 		 163 aa  72  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02238  membrane protein required for colicin V production  32.31 
 
 		 162 aa  71.6  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1339  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  71.6  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02198  hypothetical protein  32.31 
 
 		 162 aa  71.6  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2469  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  71.6  0.000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2464  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  71.6  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2607  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  71.6  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2714  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2505  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1329  Colicin V production protein  30.19 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0804105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2593  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.272788  normal  0.627447 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2551  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2605  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.685477 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3453  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2571  colicin V production protein  30.77 
 
 		 163 aa  70.1  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2879  Colicin V production protein  28.82 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.999004  normal  0.111961 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2862  colicin V production protein  31.54 
 
 		 162 aa  68.9  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.488852  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1206  colicin V production protein  30.62 
 
 		 214 aa  68.2  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2455  putative colicin V production protein, dedE  32.07 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1118  colicin V production protein  32.07 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.439465 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0524  bacteriocin production protein  32.35 
 
 		 163 aa  66.2  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00361211  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1785  colicin V production protein  28.49 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.170102 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2073  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  29.37 
 
 		 168 aa  65.5  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.576692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1063  colicin V production protein  32.61 
 
 		 194 aa  64.7  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2047  colicin V production protein  32.76 
 
 		 177 aa  64.7  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1608  colicin V production protein  31.54 
 
 		 162 aa  64.3  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1079  colicin V production protein (protein DedE)  32.23 
 
 		 163 aa  63.9  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002878  colicin V production protein  31.16 
 
 		 163 aa  63.2  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2303  colicin V production protein  31.11 
 
 		 162 aa  63.2  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3762  colicin V production protein  27.42 
 
 		 185 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1533  colicin V production protein  27.42 
 
 		 185 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1693  colicin V production protein  35.76 
 
 		 163 aa  62.8  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.339173 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2981  colicin V production protein  32.59 
 
 		 162 aa  62  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259461  normal  0.577017 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1999  colicin V production protein  28.16 
 
 		 185 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2503  colicin V production protein  27.27 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03096  hypothetical protein  33.88 
 
 		 163 aa  61.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1044  Colicin V production protein  31.68 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.572812 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1553  colicin V production protein  32.71 
 
 		 189 aa  60.1  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0745627  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0917  colicin V production protein  35.51 
 
 		 166 aa  60.1  0.00000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1560  colicin V production protein  26.4 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.328677  normal  0.213335 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1655  colicin V production protein  31.11 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00513231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0307  CvpA family protein  22.64 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.617948  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2461  colicin V production protein  29.19 
 
 		 165 aa  57.8  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.400499  normal  0.228634 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1429  colicin V production protein  33.9 
 
 		 162 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.550584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1494  colicin V production protein  33.9 
 
 		 162 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1620  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  57.8  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3065  colicin V production protein  33.9 
 
 		 162 aa  57.4  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1258  Colicin V production protein  33.64 
 
 		 162 aa  57.4  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1482  colicin V production protein  33.9 
 
 		 162 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.842254 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2490  CvpA family protein  30.13 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.904842  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1799  colicin V production protein  31.37 
 
 		 187 aa  56.6  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.503822  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0264  colicin V production protein  26.42 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1154  Colicin V production protein  30.86 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.418061  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1907  colicin V production protein  30.77 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2438  colicin V production protein  32.2 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1955  colicin V production protein  29.27 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2833  colicin V production protein  31.36 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.021527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1620  Colicin V production protein  31.36 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0904729  normal  0.930325 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23900  hypothetical protein  28.22 
 
 		 180 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00157781  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>