More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0265 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0265  peptide ABC transporter, permease protein  100 
 
 
340 aa  684    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0141  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  97.35 
 
 
340 aa  666    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3743  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  81.18 
 
 
340 aa  547  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.379844  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3075  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  75.88 
 
 
340 aa  533  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2904  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  75.29 
 
 
341 aa  524  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00718406  normal  0.256251 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  74.41 
 
 
340 aa  518  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3031  peptide ABC transporter, permease protein  73.82 
 
 
340 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00306924  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3488  ABC transporter permease  69.23 
 
 
339 aa  495  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3719  ABC transporter, permease protein  69.53 
 
 
339 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1756  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  69.23 
 
 
339 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.974792  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2179  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  68.64 
 
 
339 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.34 
 
 
339 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.391891  normal  0.494478 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41150  putative permease of ABC transporter  68.93 
 
 
339 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.35 
 
 
339 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0570261  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.35 
 
 
339 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.937938  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.75 
 
 
339 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0100075  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29670  oligopeptide ABC transporter, inner membrane permease component  67.46 
 
 
339 aa  488  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.175174  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.26 
 
 
339 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.98 
 
 
338 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.588889 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.58 
 
 
338 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.58 
 
 
338 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207956  normal  0.0893102 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.29 
 
 
340 aa  456  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.91 
 
 
338 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.161854  normal  0.0734205 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.24 
 
 
368 aa  442  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0329294  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.28 
 
 
347 aa  441  1e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0202572  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.54 
 
 
357 aa  440  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0533  putative peptide ABC transporter, permease protein  62.69 
 
 
352 aa  434  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.71 
 
 
355 aa  430  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02109  predicted oligopeptide transporter subunit  59.41 
 
 
341 aa  423  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501538  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.12 
 
 
341 aa  422  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.152575  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.41 
 
 
341 aa  423  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000790283  normal  0.119666 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02068  hypothetical protein  59.41 
 
 
341 aa  423  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2328  ABC transporter, permease protein  59.12 
 
 
341 aa  421  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0125701 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2477  ABC transporter, permease protein  59.41 
 
 
341 aa  423  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2317  ABC transporter, permease protein  59.41 
 
 
341 aa  423  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3317  ABC transporter, permease protein  59.12 
 
 
341 aa  422  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.655724  normal  0.274397 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0450  putative peptide transport system permease protein  59.29 
 
 
342 aa  421  1e-117  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.540872  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0779  ABC transporter, permease protein  59.12 
 
 
341 aa  420  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2455  inner membrane ABC transporter permease YejE  58.28 
 
 
341 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000213093 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2367  inner membrane ABC transporter permease protein YejE  58.58 
 
 
341 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0273884  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.35 
 
 
402 aa  417  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.291012  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2569  inner membrane ABC transporter permease YejE  58.28 
 
 
341 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189075 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2458  inner membrane ABC transporter permease YejE  58.28 
 
 
341 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.424248  normal  0.739807 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.47 
 
 
341 aa  412  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2412  inner membrane ABC transporter permease protein YejE  58.28 
 
 
341 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0468301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37850  putative permease of ABC transporter  64.88 
 
 
338 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000425453  normal  0.227586 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0291  ABC transporter binding protein inner membrane protein  58.21 
 
 
349 aa  408  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.17 
 
 
341 aa  409  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.254964  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.24 
 
 
341 aa  410  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.02975 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.88 
 
 
341 aa  409  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.01 
 
 
338 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.504144  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.17 
 
 
341 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3168  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.65 
 
 
346 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.94 
 
 
341 aa  400  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7052  oligopeptide ABC transporter membrane protein  55.8 
 
 
391 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.72 
 
 
379 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.124175  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.28 
 
 
382 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.11 
 
 
392 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.499236  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.44 
 
 
383 aa  392  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0528  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.82 
 
 
368 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.358885  normal  0.209148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.55 
 
 
392 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0307109 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.44 
 
 
385 aa  389  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.1 
 
 
398 aa  389  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.124488 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0007  ABC transporter, permease protein  54.44 
 
 
379 aa  388  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00710024  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0007  ABC transporter, permease protein  54.17 
 
 
379 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.295504  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2713  ABC transporter, permease protein  59.47 
 
 
342 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0702  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  54.27 
 
 
368 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.440512  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.47 
 
 
342 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.352071  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.27 
 
 
392 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2506  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.27 
 
 
368 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.559782  normal  0.0520062 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1495  ABC transporter permease  59.47 
 
 
342 aa  385  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.733887  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.85 
 
 
390 aa  387  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0291  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.43 
 
 
390 aa  383  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3364  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.28 
 
 
376 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.72 
 
 
347 aa  379  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.753912  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.79 
 
 
396 aa  381  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.510963  normal  0.625739 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.79 
 
 
400 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2738  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.79 
 
 
400 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.337549  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4147  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.68 
 
 
395 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.52 
 
 
400 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.01 
 
 
345 aa  374  1e-102  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1040  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  53.12 
 
 
360 aa  371  1e-102  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.522587 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.43 
 
 
392 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0657  ABC peptide transporter  51.09 
 
 
392 aa  373  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0246  ABC transporter membrane spanning protein (peptide)  55 
 
 
378 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.4 
 
 
406 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal  0.0286724 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.72 
 
 
382 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.82 
 
 
360 aa  361  1e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.318387 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.79 
 
 
368 aa  361  1e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247928  normal  0.144081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.76 
 
 
343 aa  358  9.999999999999999e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.120778  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.34 
 
 
371 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2991  ABC transporter, inner membrane subunit  51.04 
 
 
371 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400376  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0843  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.94 
 
 
343 aa  353  2e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.562885  normal  0.0400765 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.44 
 
 
368 aa  351  1e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.145516 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.81 
 
 
368 aa  346  3e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000209026  normal  0.0130851 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1638  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  48.81 
 
 
368 aa  345  5e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.488857  normal  0.189782 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.3 
 
 
341 aa  345  7e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.4 
 
 
365 aa  338  9e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159328  normal  0.335799 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
367 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.7 
 
 
341 aa  336  2.9999999999999997e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>