61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2925 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2925  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 297 aa  604  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1353  polysaccharide deacetylase  92.26 
 
 		 297 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2157  polysaccharide deacetylase  70.95 
 
 		 301 aa  442  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1728  polysaccharide deacetylase  69.26 
 
 		 301 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2609  hypothetical protein  69.26 
 
 		 301 aa  437  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1834  polysaccharide deacetylase  69.26 
 
 		 301 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2076  polysaccharide deacetylase  64.29 
 
 		 298 aa  384  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2692  polysaccharide deacetylase  64.73 
 
 		 293 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.145511  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2844  polysaccharide deacetylase  63.7 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2644  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  63.61 
 
 		 299 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2436  polysaccharide deacetylase  63.27 
 
 		 299 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2528  polysaccharide deacetylase domain protein  63.27 
 
 		 299 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2485  polysaccharide deacetylase domain protein  63.61 
 
 		 299 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4018  polysaccharide deacetylase  61.95 
 
 		 299 aa  369  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.745144  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4227  polysaccharide deacetylase  63.27 
 
 		 299 aa  368  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2540  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  63.27 
 
 		 299 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.742561  normal  0.731113 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2632  polysaccharide deacetylase domain protein  59.86 
 
 		 296 aa  357  9.999999999999999e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2410  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  59.86 
 
 		 296 aa  357  9.999999999999999e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2551  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  59.86 
 
 		 296 aa  357  9.999999999999999e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1393  polysaccharide deacetylase  59.86 
 
 		 296 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02141  hypothetical protein  59.86 
 
 		 296 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2401  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  59.86 
 
 		 296 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1402  polysaccharide deacetylase  59.86 
 
 		 296 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02182  hypothetical protein  59.86 
 
 		 296 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3397  polysaccharide deacetylase domain protein  59.86 
 
 		 296 aa  356  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1590  hypothetical protein  62.93 
 
 		 295 aa  349  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18340  hypothetical protein  62.93 
 
 		 295 aa  349  4e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0923  polysaccharide deacetylase  52.2 
 
 		 305 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.213028 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2979  polysaccharide deacetylase  38.01 
 
 		 302 aa  205  9e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1416  polysaccharide deacetylase  39.19 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1797  polysaccharide deacetylase  38.51 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00908915 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2390  putative polysaccharide deacetylase  38.51 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192005  normal  0.179282 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0882  polysaccharide deacetylase  37.04 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.698941  hitchhiker  0.000000806635 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3973  polysaccharide deacetylase  36.82 
 
 		 297 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0986666  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4593  polysaccharide deacetylase  37.16 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000328095  hitchhiker  0.00511566 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1884  polysaccharide deacetylase family protein  37.84 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.243781  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2405  polysaccharide deacetylase family protein  37.84 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.498763  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1394  polysaccharide deacetylase family protein  37.84 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0013  polysaccharide deacetylase family protein  37.84 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.478406  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2279  polysaccharide deacetylase family protein  37.84 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1156  polysaccharide deacetylase family protein  37.84 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.540807  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2189  polysaccharide deacetylase family protein  37.5 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210397  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2241  polysaccharide deacetylase family protein  37.58 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0922  polysaccharide deacetylase  37.25 
 
 		 298 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.603398 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1193  polysaccharide deacetylase  37.84 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0326614  normal  0.124645 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3699  polysaccharide deacetylase  34.13 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1254  polysaccharide deacetylase  37.5 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5164  polysaccharide deacetylase  37.84 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0277  polysaccharide deacetylase  35.55 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3232  polysaccharide deacetylase  38.52 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1773  polysaccharide deacetylase  37.58 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.771861 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1801  polysaccharide deacetylase  37.58 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1410  polysaccharide deacetylase  37.25 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.257761 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0430  polysaccharide deacetylase  36.51 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1887  polysaccharide deacetylase  37.58 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.65071  hitchhiker  0.000000465895 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6216  polysaccharide deacetylase  37.58 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1863  polysaccharide deacetylase  37.58 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1318  hypothetical protein  36.82 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2557  polysaccharide deacetylase family protein  34.68 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0436  polysaccharide deacetylase  36.69 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.838323 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3555  polysaccharide deacetylase  29.52 
 
 		 306 aa  42.7  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>