34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_0297 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_0311  DNA-directed RNA polymerase subunit H  100 
 
 
83 aa  169  1e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0297  DNA-directed RNA polymerase subunit H  100 
 
 
83 aa  169  1e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1935  DNA-directed RNA polymerase subunit H  73.49 
 
 
83 aa  130  5e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2158  DNA-directed RNA polymerase subunit H  66.27 
 
 
83 aa  121  3e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.833639  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0049  DNA-directed RNA polymerase subunit H  66.27 
 
 
83 aa  116  9.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.536679 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1164  DNA-directed RNA polymerase subunit H  69.14 
 
 
82 aa  115  9.999999999999999e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.29622 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3695  DNA-directed RNA polymerase subunit H  51.95 
 
 
78 aa  81.3  0.000000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.534193 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0792  DNA-directed RNA polymerase subunit H  50.7 
 
 
78 aa  80.9  0.000000000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0670  DNA-directed RNA polymerase subunit H  43.24 
 
 
78 aa  71.2  0.000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0516  RNA polymerase Rpb5  51.35 
 
 
75 aa  70.5  0.000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1180  DNA-directed RNA polymerase subunit H  40.79 
 
 
78 aa  70.5  0.000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0287  DNA-directed RNA polymerase subunit H  41.77 
 
 
80 aa  69.7  0.00000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0108  DNA-directed RNA polymerase subunit H  50 
 
 
75 aa  69.3  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.44592 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0218  DNA-directed RNA polymerase subunit H  45.95 
 
 
78 aa  68.9  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.669436  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1313  DNA-directed RNA polymerase subunit H  45.95 
 
 
78 aa  69.3  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0605  DNA-directed RNA polymerase subunit H  44.59 
 
 
78 aa  67.8  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0350  RNA polymerase Rpb5  46.67 
 
 
75 aa  67.8  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2149  RNA polymerase Rpb5  46.67 
 
 
75 aa  67  0.00000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1855  RNA polymerase Rpb5  43.06 
 
 
95 aa  66.2  0.0000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00752  RNA polymerase subunit (AFU_orthologue; AFUA_1G14110)  39.19 
 
 
235 aa  65.5  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.92156 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0785  DNA-directed RNA polymerase subunit H  48 
 
 
75 aa  65.5  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25420  predicted protein  37.84 
 
 
228 aa  63.2  0.000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.766556  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0026  DNA-directed RNA polymerase subunit H  43.06 
 
 
78 aa  63.2  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0350925  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_53602  DNA-directed RNA polymerases II 24 kDa polypeptide (RNA polymerase II subunit 5)  33.78 
 
 
213 aa  61.2  0.000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  decreased coverage  0.0000357344  normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_36865  predicted protein  37.84 
 
 
205 aa  60.5  0.000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00020104  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0346  RNA polymerase Rpb5  38.36 
 
 
83 aa  57  0.00000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA07710  DNA-directed RNA polymerases ii 24 kda polypeptide, putative  37.84 
 
 
221 aa  57  0.00000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2090  DNA-directed RNA polymerase subunit H  43.75 
 
 
75 aa  54.3  0.0000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1205  RNA polymerase Rpb5  36.23 
 
 
84 aa  54.3  0.0000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0224955  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0704  DNA-directed RNA polymerase subunit H  44.83 
 
 
75 aa  52.8  0.000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00554556 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1092  RNA polymerase Rpb5  37.5 
 
 
84 aa  49.7  0.00001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00025916  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0032  DNA-directed RNA polymerase subunit H  33.78 
 
 
83 aa  49.7  0.00001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.256888  normal  0.101872 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2320  DNA-directed RNA polymerase subunit H  41.94 
 
 
75 aa  50.1  0.00001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.646201  hitchhiker  0.000103399 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1962  DNA-directed RNA polymerase subunit H  57.14 
 
 
75 aa  49.3  0.00002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>