More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1273 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1273  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
371 aa  735    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000032067 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.78 
 
 
368 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000209026  normal  0.0130851 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1638  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  64.48 
 
 
368 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.488857  normal  0.189782 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.13 
 
 
376 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.77 
 
 
365 aa  420  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1175  transmembrane ABC transporter protein  62.25 
 
 
374 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00089412  normal  0.471731 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.77 
 
 
365 aa  421  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2127  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.98 
 
 
374 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.472813  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.05 
 
 
367 aa  421  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000782802  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1980  ABC transporter, permease protein  63.06 
 
 
349 aa  420  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000012638  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.73 
 
 
341 aa  418  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.27 
 
 
374 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.671417 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.73 
 
 
341 aa  416  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.41 
 
 
374 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0696851 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.78 
 
 
363 aa  414  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.17 
 
 
379 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.129813  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2491  ABC transporter, permease protein  63.06 
 
 
365 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0223413  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1605  ABC transporter, permease protein  63.06 
 
 
365 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000276043  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2633  ABC transporter, permease protein  63.06 
 
 
365 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000522805  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2107  ABC transporter, permease protein  63.06 
 
 
365 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00353314  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3206  ABC transporter, permease protein  63.06 
 
 
365 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0176532  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1380  ABC transporter, permease protein  63.06 
 
 
365 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.25604  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.95 
 
 
380 aa  410  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00168824  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2545  ABC transporter, permease protein  63.06 
 
 
365 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.16354  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.78 
 
 
371 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2079  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.66 
 
 
365 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0272405  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2991  ABC transporter, inner membrane subunit  60.48 
 
 
371 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400376  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.66 
 
 
365 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.996581  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.66 
 
 
365 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.056455  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.55 
 
 
351 aa  403  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.263869  normal  0.632538 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.06 
 
 
365 aa  402  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.578437 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.08 
 
 
367 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.08 
 
 
365 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159328  normal  0.335799 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.22 
 
 
379 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.122732  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.06 
 
 
365 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.06 
 
 
365 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.576949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.37 
 
 
346 aa  396  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4999  ABC transporter, inner membrane subunit  62.24 
 
 
370 aa  393  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5369  ABC transporter, inner membrane subunit  63.36 
 
 
365 aa  393  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2743  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.8 
 
 
348 aa  394  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.94 
 
 
376 aa  388  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.303912 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.78 
 
 
343 aa  391  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.120778  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.66 
 
 
317 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.848432  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.31 
 
 
346 aa  380  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3488  ABC transporter permease  51.65 
 
 
339 aa  351  1e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41150  putative permease of ABC transporter  51.35 
 
 
339 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.2 
 
 
340 aa  346  4e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.45 
 
 
355 aa  345  6e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.75 
 
 
339 aa  343  2e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.391891  normal  0.494478 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3719  ABC transporter, permease protein  51.05 
 
 
339 aa  342  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.9 
 
 
357 aa  341  1e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.05 
 
 
339 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0100075  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29670  oligopeptide ABC transporter, inner membrane permease component  51.05 
 
 
339 aa  340  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.175174  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.75 
 
 
339 aa  339  5e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0570261  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.75 
 
 
339 aa  339  5e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.937938  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1756  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.45 
 
 
339 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.974792  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2179  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.45 
 
 
339 aa  335  7e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.15 
 
 
339 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1040  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  48.65 
 
 
360 aa  332  7.000000000000001e-90  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.522587 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2367  inner membrane ABC transporter permease protein YejE  49.7 
 
 
341 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0273884  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02109  predicted oligopeptide transporter subunit  49.1 
 
 
341 aa  330  3e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501538  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.1 
 
 
341 aa  330  3e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.152575  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2317  ABC transporter, permease protein  49.1 
 
 
341 aa  330  3e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2569  inner membrane ABC transporter permease YejE  49.4 
 
 
341 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189075 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3317  ABC transporter, permease protein  49.1 
 
 
341 aa  330  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.655724  normal  0.274397 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2328  ABC transporter, permease protein  49.1 
 
 
341 aa  330  3e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0125701 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.1 
 
 
341 aa  330  3e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000790283  normal  0.119666 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2455  inner membrane ABC transporter permease YejE  49.4 
 
 
341 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000213093 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02068  hypothetical protein  49.1 
 
 
341 aa  330  3e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0265  peptide ABC transporter, permease protein  48.65 
 
 
340 aa  329  4e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2477  ABC transporter, permease protein  49.1 
 
 
341 aa  330  4e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.75 
 
 
360 aa  328  8e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.318387 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2412  inner membrane ABC transporter permease protein YejE  49.1 
 
 
341 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0468301 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2458  inner membrane ABC transporter permease YejE  49.1 
 
 
341 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.424248  normal  0.739807 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0779  ABC transporter, permease protein  48.8 
 
 
341 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.15 
 
 
347 aa  326  3e-88  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0202572  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
341 aa  326  4.0000000000000003e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.254964  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0141  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.35 
 
 
340 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.01 
 
 
341 aa  325  9e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.75 
 
 
341 aa  324  1e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3075  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.8 
 
 
340 aa  324  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.99 
 
 
402 aa  324  1e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.291012  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2904  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.1 
 
 
341 aa  323  2e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00718406  normal  0.256251 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.01 
 
 
341 aa  324  2e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.1 
 
 
341 aa  323  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.02975 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.8 
 
 
341 aa  321  9.999999999999999e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3168  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.55 
 
 
346 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0291  ABC transporter binding protein inner membrane protein  47.01 
 
 
349 aa  320  3.9999999999999996e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.7 
 
 
368 aa  319  3.9999999999999996e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0329294  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.2 
 
 
345 aa  316  3e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.89 
 
 
340 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7052  oligopeptide ABC transporter membrane protein  45.66 
 
 
391 aa  311  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1495  ABC transporter permease  48.05 
 
 
342 aa  309  4e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.733887  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2713  ABC transporter, permease protein  48.05 
 
 
342 aa  309  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.05 
 
 
342 aa  309  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.352071  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.66 
 
 
338 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.588889 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.52 
 
 
398 aa  309  5e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.124488 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3031  peptide ABC transporter, permease protein  49.1 
 
 
340 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00306924  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.97 
 
 
382 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.22 
 
 
390 aa  309  5.9999999999999995e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>