199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0049 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00212894 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12800  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00502179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0296  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0007006  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0562  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0006  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.436797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00070  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0206653  normal  0.0328512 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0082  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302683  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0080  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000233743  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0077  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000716248  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0027  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0028  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000292353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0029  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000030616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0030  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000300498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna110  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00293303  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03503  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0036  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03502  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0605047  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t083  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0050  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000319175  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t087  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t088  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t089  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0114  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.195511  hitchhiker  0.0000613432 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0113  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.196307  hitchhiker  0.0000602904 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna106  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000169695  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0112  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.456139  hitchhiker  0.0000639392 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna109  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000319749  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0007  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.218909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0056  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000025331  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0040  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409626  hitchhiker  0.00769115 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0035  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0060  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.864941  normal  0.898441 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0009  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.702831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03504  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0064  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00996897  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0065  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00979442  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0043  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000076274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0045  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000811404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0052  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000305181  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0047  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0049  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000951803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0044  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000145436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0108  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0046  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000251633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0107  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0048  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000258429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0050  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000285185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0110  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.607577  hitchhiker  0.0000634029 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0109  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00006448 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6004  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.105111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0051  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000808669  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0030  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.238826  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0179  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0042  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000133594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03499  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0044  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000151065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0059  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000542339  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0046  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0048  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0115  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.125071  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03501  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0039  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0446173  hitchhiker  0.00751458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0037  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0424751  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna111  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00293303  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna112  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00685075  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0022  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00548684  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0023  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00552371  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna108  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000789461  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0034  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0228337  hitchhiker  0.00733773 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03506  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03500  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0049  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000321594  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0055  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000268811  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0053  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000298412  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0043  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00811057 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0042  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.046483  hitchhiker  0.00783232 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>