More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0015 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0026  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.968227  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4316  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.742737  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0027  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.76766  normal  0.328825 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0027  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.961867  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0025  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.103227  normal  0.238575 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0024  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.16238  normal  0.146068 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  9.33276e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  2.03604e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  93.51 
 
 
79 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  95.59 
 
 
74 bp  111  2e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  94.37 
 
 
77 bp  109  9e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  94.37 
 
 
77 bp  109  9e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  94.37 
 
 
77 bp  109  9e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  94.37 
 
 
77 bp  109  9e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  94.37 
 
 
77 bp  109  9e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  94.37 
 
 
77 bp  109  9e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0051  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.942315 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0028  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00318123  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0054  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  5.52526e-07  normal  0.231331 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0777  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0054  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  3.38252e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0052  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  2.41383e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0062  tRNA-Asp  96.72 
 
 
74 bp  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  8.66023e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0096  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  4.96509e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0037  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.02957e-11  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0054  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  5.66349e-08  normal  0.354373 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0019  tRNA-Asp  92 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206388  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0044  tRNA-Asp  92 
 
 
77 bp  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  2.64444e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0044  tRNA-Asp  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.405337 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0017  tRNA-Asp  92 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.214507  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0018  tRNA-Asp  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0153  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.44373e-07 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0021  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000252162  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0126  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.66381e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0027  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00239727  normal  0.0594729 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0022  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  3.52228e-07  hitchhiker  3.53756e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0012  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.556518  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0177  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0128  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.46033e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0127  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.64688e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0125  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.8032e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0159  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00117614  hitchhiker  3.16845e-08 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0029  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0847414 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0505  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00547208  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0050  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.59699e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0018  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0126  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0004  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00373  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00473  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01014  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03609  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00246  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03716  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0066  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.09987e-08  hitchhiker  1.03719e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0067  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.56523e-07  hitchhiker  9.93702e-07 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1638  tRNA-Asp  95.08 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.27117e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna153  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.908141  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t020  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  unclonable  2.45604e-12 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1110t  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.485289  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3209t  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3185t  tRNA-Asp  95.08 
 
 
75 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.643371  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3181t  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.162425  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3158t  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3140t  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.575173  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3115t  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t031  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  3.28405e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t083  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130916  hitchhiker  7.27647e-05 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>