19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1148 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1148  primosome, DnaD subunit  100 
 
 
239 aa  479  1e-134  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  1.49796e-08  decreased coverage  0.00111014 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3989  primosome, DnaD subunit  89.12 
 
 
239 aa  442  1e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000533541 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2341  primosome, DnaD subunit  63.87 
 
 
235 aa  303  1e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00367055  decreased coverage  0.00187348 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0088  primosome, DnaD subunit  51.65 
 
 
241 aa  247  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0539  DnaD and phage-associated domain-containing protein  36.04 
 
 
236 aa  136  2e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.245634  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0515  primosome, DnaD subunit  36.32 
 
 
236 aa  136  3e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_480  primosome component  35.11 
 
 
236 aa  135  6e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1171  DNA replication protein DnaD  34.18 
 
 
222 aa  48.9  6e-05  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.293784  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2981  hypothetical protein  31.08 
 
 
246 aa  47  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1801  putative transmembrane protein  35.23 
 
 
632 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.360897  normal  0.364515 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1188  DNA replication protein dnaD  29.35 
 
 
232 aa  46.6  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.130151  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3088  DnaD domain-containing protein  32.84 
 
 
246 aa  45.4  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.568171  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3331  DnaD domain-containing protein  32.84 
 
 
246 aa  45.4  0.0008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.395814  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3267  DnaD domain protein  32.35 
 
 
254 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3032  hypothetical protein  35.38 
 
 
243 aa  44.3  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1637  primosome, DnaD subunit  32.14 
 
 
251 aa  43.9  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0561  DnaA analog, DnaD domain protein  33.33 
 
 
309 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0622726 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0636  DnaA analog, DnaD domain protein  33.33 
 
 
311 aa  42.4  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3612  primosome, DnaD subunit  33.33 
 
 
318 aa  41.6  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>