23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1556 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_1881  hypothetical protein  100 
 
 
262 aa  514  1e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00135559  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1556  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 
262 aa  514  1e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  2.09745e-08  hitchhiker  1.03642e-09 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1304  TPR repeat-containing protein  29.87 
 
 
272 aa  85.9  6e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.247714  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0331  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.73 
 
 
349 aa  67  3e-10  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2299  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  38.68 
 
 
405 aa  62  9e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.660517  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1958  TPR repeat-containing protein  38.68 
 
 
403 aa  61.6  1e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0934824  normal  0.0827331 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1271  TPR repeat-containing protein  40.79 
 
 
407 aa  58.5  9e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1864  TPR repeat-containing protein  33.71 
 
 
396 aa  55.8  6e-07  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.105748  hitchhiker  0.00576569 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1937  TPR repeat-containing protein  33.71 
 
 
396 aa  56.2  6e-07  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1271  TPR repeat-containing protein  33.7 
 
 
404 aa  55.8  7e-07  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2414  TPR repeat-containing protein  33.7 
 
 
404 aa  55.8  7e-07  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.460414  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2372  TPR repeat-containing protein  33.7 
 
 
404 aa  55.8  7e-07  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.171384  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3311  hypothetical protein  33.7 
 
 
404 aa  55.8  7e-07  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00468101  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2520  hypothetical protein  33.7 
 
 
404 aa  55.8  7e-07  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.163155  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1499  hypothetical protein  33.7 
 
 
404 aa  55.5  8e-07  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1999  hypothetical protein  33.7 
 
 
404 aa  55.5  8e-07  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2080  hypothetical protein  32.61 
 
 
401 aa  54.3  2e-06  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2725  TPR repeat-containing protein  30.23 
 
 
259 aa  53.9  3e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1974  TPR repeat-containing protein  36.11 
 
 
393 aa  51.6  1e-05  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0922942 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1950  TPR repeat-containing protein  36.11 
 
 
393 aa  51.6  1e-05  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6129  TPR repeat-containing protein  36.11 
 
 
393 aa  51.6  1e-05  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5261  TPR repeat-containing protein  34.72 
 
 
388 aa  50.4  3e-05  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0238888  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1319  TPR repeat-containing protein  34.72 
 
 
415 aa  48.9  7e-05  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00364479 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>