22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0034 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_R0034  tRNA-Cys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0072  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4584  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0077  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50271  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0077  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0001  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.536129 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0075  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0034  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0068  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.080231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0032  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0454547  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt05  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0063  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0582  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0032  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.392433  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0017  tRNA-Cys  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0023  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0021  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0021  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0054  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.762647 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0044  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373232 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0683  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000909207  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0650  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000503645  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>