105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0044 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0044  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373232 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0054  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.762647 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt05  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0032  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.392433  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0582  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0063  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0072  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0032  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0454547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0068  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.080231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0034  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0075  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0077  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0077  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50271  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4584  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0022  tRNA-Cys  95.59 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0186532 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0001  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.536129 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0015  tRNA-Cys  92.75 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0031  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.392405  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0023  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0021  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0021  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0650  tRNA-Cys  91.18 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000503645  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0683  tRNA-Cys  91.18 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000909207  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0017  tRNA-Cys  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0007  tRNA-Cys  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0039  tRNA-Cys  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00215479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  89.55 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0027    87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583398  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA45  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0027  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.925736  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3170t  tRNA-Cys  91.07 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0586308  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4322  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.990872  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0050  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0031  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000180821  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0018  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.146139 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0040  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0038  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0042  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.217311  normal  0.0105918 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0071  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0038  tRNA-Cys  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05684  tRNA-Cys  89.29 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0035  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  89.09 
 
 		 462 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0030  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.737492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0033  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0980795  normal  0.992488 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0068  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.505859  hitchhiker  0.00111076 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna22  tRNA-Cys  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30720  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100485  hitchhiker  0.00000662167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0044  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583033  normal  0.0240701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2631  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106712  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3267  tRNA-Cys  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0021  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000191059  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02745  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05672  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05678  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05683  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna006  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.248027  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna119  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000033796  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna001  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.307484  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna004  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.002755  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0034  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  0.65843 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0036  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0579773 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0242  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0031  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0034  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0693  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0702  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109988  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0836  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.20631e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0038  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0049  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0852361  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0020  tRNA-Cys  85.71 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1032  tRNA-Cys  85.71 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0925  tRNA-Cys  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3176t  tRNA-Cys  85.71 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000794009  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.924194  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t37  tRNA-Cys  86.96 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0453949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA44  tRNA-Cys  86.96 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0803701  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0037  tRNA-Cys  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.659023  normal  0.593785 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0016  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0855316  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0015  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.414864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0019  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0015  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0045  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.34247  normal  0.204665 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>