84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1446 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1446  RNA binding S1  100 
 
 		 278 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1593  hypothetical protein  89.21 
 
 		 278 aa  524  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3786  RNA binding S1  89.21 
 
 		 278 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.198165  normal  0.0264698 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4563  RNA binding S1 domain protein  75.36 
 
 		 278 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3187  GntR family transcriptional regulator  74.73 
 
 		 280 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.547241  normal  0.0826379 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1326  RNA-binding S1 domain-containing protein  75.36 
 
 		 278 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4071  RNA-binding S1 domain-containing protein  75.36 
 
 		 278 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3864  RNA-binding S1 domain-containing protein  73.91 
 
 		 278 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49930  hypothetical protein  74.01 
 
 		 279 aa  427  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.358542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4253  hypothetical protein  73.29 
 
 		 279 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16900  RNA binding protein, S1 family  67.75 
 
 		 289 aa  405  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1452  RNA-binding S1 domain-containing protein  50 
 
 		 277 aa  284  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1966  hypothetical protein  49.28 
 
 		 276 aa  278  7e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.294395  normal  0.185697 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1111  hypothetical protein  49.64 
 
 		 298 aa  278  7e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1724  hypothetical protein  48.56 
 
 		 301 aa  278  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.437519  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1623  hypothetical protein  48.2 
 
 		 279 aa  275  6e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0568829 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1555  hypothetical protein  47.84 
 
 		 279 aa  273  3e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1630  hypothetical protein  47.48 
 
 		 279 aa  271  1e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0406608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1645  hypothetical protein  47.84 
 
 		 280 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942277  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1868  hypothetical protein  47.12 
 
 		 279 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003424  hypothetical protein  46.24 
 
 		 277 aa  268  5e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.303245  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1759  hypothetical protein  47.48 
 
 		 280 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2519  hypothetical protein  47.48 
 
 		 280 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.830114 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1803  hypothetical protein  47.48 
 
 		 280 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.303771  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2281  hypothetical protein  46.89 
 
 		 277 aa  267  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.014395  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1766  hypothetical protein  47.48 
 
 		 280 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.530453  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2056  hypothetical protein  48.38 
 
 		 279 aa  267  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00868426  normal  0.106459 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2031  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.32 
 
 		 277 aa  266  2e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4487  hypothetical protein  46.21 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.830856  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1618  hypothetical protein  46.04 
 
 		 277 aa  261  6e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.165792  normal  0.0266154 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02354  hypothetical protein  45.68 
 
 		 277 aa  261  8e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2610  hypothetical protein  47.65 
 
 		 277 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1697  hypothetical protein  44.6 
 
 		 277 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1518  hypothetical protein  46.76 
 
 		 280 aa  252  6e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0135842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4023  hypothetical protein  46.93 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1514  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.8 
 
 		 279 aa  249  5e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.493123 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2481  hypothetical protein  44.24 
 
 		 277 aa  248  6e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0367564  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1813  hypothetical protein  42.25 
 
 		 283 aa  236  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.307669 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1813  hypothetical protein  41.73 
 
 		 277 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0500461  normal  0.539487 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5129  RNA binding S1 domain protein  41.01 
 
 		 276 aa  232  7.000000000000001e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64066 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1515  nucleic acid binding protein  42.96 
 
 		 276 aa  229  3e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4021  hypothetical protein  44.4 
 
 		 276 aa  224  9e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000280354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2080  RNA binding S1 domain protein  44.24 
 
 		 274 aa  223  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.56309e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2136  RNA binding S1 domain protein  44.24 
 
 		 274 aa  223  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000118125  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2783  hypothetical protein  39.08 
 
 		 284 aa  216  5e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0117976  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11108  hypothetical protein  40.07 
 
 		 276 aa  209  3e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.533639  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2473  RNA binding S1 domain protein  41.22 
 
 		 282 aa  206  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.728532 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2579  RNA binding S1 domain protein  40.79 
 
 		 277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.401264 
 
 
-
 
NC_002950  PG1727  yitL protein  37.96 
 
 		 287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3240  uncharacterized protein-like protein  41.22 
 
 		 280 aa  192  4e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0626  hypothetical protein  37.82 
 
 		 279 aa  191  1e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000762305  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0235  hypothetical protein  40.15 
 
 		 295 aa  187  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000105707  hitchhiker  0.0000000000000116702 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0056  RNA binding S1  43.06 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0312  hypothetical protein  33.94 
 
 		 282 aa  177  2e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2647  hypothetical protein  36.46 
 
 		 274 aa  174  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.902029  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01079  hypothetical protein  36.05 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1902  hypothetical protein  37.17 
 
 		 280 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1621  hypothetical protein  36.43 
 
 		 280 aa  162  5.0000000000000005e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222991  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2903  RNA binding S1 domain protein  33.21 
 
 		 278 aa  156  3e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.144767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0250  RNA-binding S1 domain-containing protein  36.17 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000115612  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1214  hypothetical protein  30.69 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4127  hypothetical protein  30.07 
 
 		 284 aa  106  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.098552  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1274  hypothetical protein  30.07 
 
 		 284 aa  105  6e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1319  hypothetical protein  30.07 
 
 		 284 aa  105  6e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.270285  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1241  hypothetical protein  29.71 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1167  hypothetical protein  29.71 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1060  hypothetical protein  29.71 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1065  hypothetical protein  29.71 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1082  hypothetical protein  29.71 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1062  RNA-binding S1 domain-containing protein  30.18 
 
 		 284 aa  103  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0425998  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0877  RNA-binding S1 domain-containing protein  29.09 
 
 		 284 aa  103  4e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1187  hypothetical protein  40.44 
 
 		 151 aa  99.4  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0886  RNA binding S1 domain protein  29.08 
 
 		 274 aa  92  9e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000369657  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0712  RNA binding S1 domain protein  27.74 
 
 		 286 aa  89.7  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000721227  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2289  RNA-binding protein  32.22 
 
 		 285 aa  87.4  3e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0961  hypothetical protein  26.57 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.93034  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0883  RNA-binding protein  30.77 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000841553 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0752  hypothetical protein  29.54 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000115591  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1481  hypothetical protein  24.65 
 
 		 300 aa  72  0.000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1452  hypothetical protein  24.65 
 
 		 300 aa  72  0.000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.288819  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1511  hypothetical protein  31.74 
 
 		 284 aa  66.2  0.0000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00830658  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0476  RNA-binding protein  29.67 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1301  RNA-binding protein  27.54 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.237432  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42428  predicted protein  35.34 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>