73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3832 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3832  sulfur relay protein TusC  100 
 
 		 119 aa  248  2e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0439516  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4012  sulfur relay protein TusC  89.08 
 
 		 119 aa  228  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0119239  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0396  sulfur relay protein TusC  73.95 
 
 		 119 aa  193  7e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00209341  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0314  sulfur relay protein TusC  74.79 
 
 		 119 aa  191  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000155532  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4553  sulfur relay protein TusC  69.75 
 
 		 119 aa  181  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175116  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3923  sulfur relay protein TusC  66.1 
 
 		 121 aa  175  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000967034  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3680  sulfur relay protein TusC  66.1 
 
 		 121 aa  175  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000021238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0273  sulfur relay protein TusC  66.1 
 
 		 121 aa  175  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000969658  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3761  sulfur relay protein TusC  63.03 
 
 		 119 aa  160  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000807617  hitchhiker  0.00363811 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3755  sulfur relay protein TusC  61.34 
 
 		 118 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0243963  normal  0.0807974 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3720  sulfur relay protein TusC  61.34 
 
 		 118 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000569521  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3646  sulfur relay protein TusC  61.34 
 
 		 118 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000115464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3647  sulfur relay protein TusC  61.34 
 
 		 118 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133415  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3818  sulfur relay protein TusC  61.34 
 
 		 118 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000082368  normal  0.881738 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4653  sulfur relay protein TusC  57.98 
 
 		 119 aa  147  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000251233  decreased coverage  0.00984076 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3625  sulfur relay protein TusC  57.98 
 
 		 119 aa  147  6e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000432932  hitchhiker  0.000966126 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0369  sulfur relay protein TusC  57.98 
 
 		 119 aa  147  6e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000531673  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0369  sulfur relay protein TusC/DsrF  57.98 
 
 		 119 aa  147  6e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000899316  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0490  intracellular reduction protein DsrF  50.42 
 
 		 119 aa  144  5e-34  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.404027  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03195  hypothetical protein  57.14 
 
 		 119 aa  144  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000016186  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3540  sulfur relay protein TusC  57.14 
 
 		 119 aa  144  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.90138e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03146  hypothetical protein  57.14 
 
 		 119 aa  144  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000175023  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3718  sulfur relay protein TusC  57.14 
 
 		 119 aa  144  5e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000963718  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3813  sulfur relay protein TusC  57.14 
 
 		 119 aa  143  9e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000346235  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2769  hypothetical protein  47.06 
 
 		 118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235142  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0308  intracellular sulfur oxidation protein DsrF  42.86 
 
 		 118 aa  111  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00506784  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002295  tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine synthase TusC  43.7 
 
 		 118 aa  106  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2134  DsrE family protein  40.34 
 
 		 126 aa  104  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0534452  normal  0.0152295 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00059  sulfur oxidation protein dsrF  44.54 
 
 		 118 aa  104  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3442  intraceullular sulfur oxidation protein of DsrE family protein  41.53 
 
 		 120 aa  102  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00176558  decreased coverage  0.0000258214 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2475  sulfur relay protein TusC/DsrF  39.5 
 
 		 118 aa  101  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000087819  hitchhiker  0.000100726 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2016  DsrE family protein  41.75 
 
 		 119 aa  98.2  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000118416  hitchhiker  0.00293118 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2109  DsrE family protein  39.5 
 
 		 118 aa  97.8  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000880697  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1634  sulfur relay protein TusC  40.5 
 
 		 120 aa  94.7  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1780  hypothetical protein  36.13 
 
 		 118 aa  89.4  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.129474  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2453  DsrE-like protein  37.82 
 
 		 118 aa  88.6  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000033855  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2315  DsrE family protein  38.66 
 
 		 118 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000269455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2207  DsrE family protein  43.82 
 
 		 118 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000232084  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2199  sulfur relay protein TusC/DsrF  38.66 
 
 		 118 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000409085  normal  0.0885071 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2377  hypothetical protein  38.66 
 
 		 118 aa  87  7e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2164  DsrE family protein  43.82 
 
 		 118 aa  87  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000849847  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2058  DsrE family protein  37.82 
 
 		 118 aa  86.3  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0573181  hitchhiker  0.000337612 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1971  DsrE family protein  37.82 
 
 		 118 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000439065  normal  0.844283 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2005  DsrE family protein  37.82 
 
 		 118 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0519969  hitchhiker  0.000302013 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2003  DsrE family protein  37.82 
 
 		 118 aa  85.5  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000582885  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1656  DsrE family protein  36.13 
 
 		 128 aa  82.4  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1802  DsrE family protein  33.61 
 
 		 118 aa  79  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.223353  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1807  DsrE-like protein  39.77 
 
 		 118 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000142115  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0041  DsrF protein  35.64 
 
 		 122 aa  73.2  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.630968  normal  0.80225 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2316  sulfur relay protein TusC/DsrF  35.92 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0137343  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3599  sulfur relay protein TusC  32.2 
 
 		 119 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356767 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1954  DsrE family protein  32.77 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.414828  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28130  sulfur relay protein TusC  41.38 
 
 		 119 aa  71.6  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3398  sulfur relay protein TusC  33.05 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.451628 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2602  sulfur relay protein TusC  32.5 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.707769  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1951  DsrF protein  33.33 
 
 		 123 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0170075  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2348  putative sulfur oxidation protein DsrF  29.31 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0587865  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0133  DsrE family protein  33.98 
 
 		 129 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000109278  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1839  sulfur relay protein TusC  31.36 
 
 		 119 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000201161 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3994  sulfur relay protein TusC  31.36 
 
 		 119 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0906893  hitchhiker  0.00530974 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0034  sulfur relay protein TusC/DsrF  33.98 
 
 		 125 aa  68.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.51558 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1852  sulfur relay protein TusC/DsrF  33.65 
 
 		 121 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000304712  normal  0.0727441 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2482  DsrF protein  27.73 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.067971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3169  sulfur relay protein TusC  36.26 
 
 		 120 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.107229  normal  0.263841 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30390  sulfur relay protein TusC  31.58 
 
 		 119 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0700  sulfur relay protein TusC/DsrF  34.83 
 
 		 123 aa  67.4  0.00000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.137823  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2188  sulfur relay protein TusC/DsrF  30.25 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.946925  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1705  DsrE family protein  27.91 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000195372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1924  DsrE-like protein  35.29 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.514773  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2378  sulfur relay protein TusC  28.81 
 
 		 119 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.643649  normal  0.0198653 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3339  DsrF family protein  32.18 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.324949  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02105  DsrE family protein  31.71 
 
 		 122 aa  56.2  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00132039  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3576  sulfur relay protein TusC  31.03 
 
 		 118 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>