59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1708 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1708  hypothetical protein  100 
 
 		 300 aa  585  1e-166  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.916772  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1974  protein of unknown function DUF340 membrane  89.33 
 
 		 300 aa  509  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2616  hypothetical protein  72.15 
 
 		 298 aa  396  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1592  hypothetical protein  72.15 
 
 		 298 aa  396  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2700  protein of unknown function DUF340 membrane  72.15 
 
 		 298 aa  396  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1667  protein of unknown function DUF340 membrane  71.48 
 
 		 298 aa  392  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.104731  normal  0.791329 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1005  hypothetical protein  65.89 
 
 		 299 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.85615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0939  hypothetical protein  65.89 
 
 		 299 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1056  hypothetical protein  65.89 
 
 		 299 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0973  hypothetical protein  65.55 
 
 		 299 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2768  protein of unknown function DUF340 membrane  63.88 
 
 		 299 aa  377  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0978  hypothetical protein  64.21 
 
 		 299 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0947  hypothetical protein  63.88 
 
 		 299 aa  377  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2722  protein of unknown function DUF340 membrane  64.21 
 
 		 299 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1036  hypothetical protein  65.22 
 
 		 299 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00885  hypothetical protein  63.88 
 
 		 299 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00879  predicted transporter  63.88 
 
 		 299 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0903  hypothetical protein  64.21 
 
 		 299 aa  374  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.469991 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2457  hypothetical protein  63.55 
 
 		 299 aa  373  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.98715  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1035  hypothetical protein  63.88 
 
 		 299 aa  374  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1391  protein of unknown function DUF340, membrane  63.88 
 
 		 299 aa  340  2e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02630  hypothetical protein  46.49 
 
 		 301 aa  252  5.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0906  permease  43.14 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0657608  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0721  hypothetical protein  44.82 
 
 		 301 aa  245  8e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003756  membrane protein  46.49 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0598  protein of unknown function DUF340, membrane  37.16 
 
 		 303 aa  192  7e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.189399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0928  protein of unknown function DUF340, membrane  47.64 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.726506  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2034  membrane protein  47.15 
 
 		 277 aa  187  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.259134  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1966  protein of unknown function DUF340, membrane  38.05 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0630  hypothetical protein  36.82 
 
 		 303 aa  175  6e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0847  protein of unknown function DUF340 membrane  36.58 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.83359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3666  protein of unknown function DUF340, membrane  38.67 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2478  protein of unknown function DUF340 membrane  29.97 
 
 		 312 aa  109  5e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.75328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1313  protein of unknown function DUF340 membrane  34.76 
 
 		 190 aa  95.5  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07210  predicted membrane protein  30.3 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000000277975  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1190  protein of unknown function DUF340 membrane  34.2 
 
 		 193 aa  92.8  6e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000149231  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0355  protein of unknown function DUF340 membrane  32.54 
 
 		 199 aa  92  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1787  protein of unknown function DUF340 membrane  40.12 
 
 		 314 aa  87.8  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.238052  normal  0.778551 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2328  protein of unknown function DUF340, membrane  32.68 
 
 		 200 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1134  protein of unknown function DUF340, membrane  44.12 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0324  protein of unknown function DUF340 membrane  34.78 
 
 		 195 aa  82.4  0.000000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0202278  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0859  protein of unknown function DUF340 membrane  36.31 
 
 		 201 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.502969 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0595  protein of unknown function DUF340, membrane  36.94 
 
 		 195 aa  77  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.636868  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0241  protein of unknown function DUF340 membrane  40.74 
 
 		 195 aa  76.3  0.0000000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1660  protein of unknown function DUF340 membrane  35.85 
 
 		 195 aa  75.9  0.0000000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.429066  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1394  protein of unknown function DUF340 membrane  27.97 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000734675  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0144  protein of unknown function DUF340 membrane  33.13 
 
 		 199 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3085  protein of unknown function DUF340 membrane  31.87 
 
 		 197 aa  73.9  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.643763  normal  0.605218 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2305  hypothetical protein  31.29 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000800916  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0050  protein of unknown function DUF340 membrane  34.62 
 
 		 200 aa  69.7  0.00000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1843  protein of unknown function DUF340 membrane  35.66 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0718  protein of unknown function DUF340, membrane  36.59 
 
 		 282 aa  68.9  0.00000000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.877684 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1823  protein of unknown function DUF340, membrane  33.73 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.564941 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21000  predicted membrane protein  25.51 
 
 		 327 aa  58.2  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2905  protein of unknown function DUF340 membrane  34.09 
 
 		 299 aa  51.2  0.00002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0812  protein of unknown function DUF340, membrane  34.95 
 
 		 278 aa  47.8  0.0002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1574  protein of unknown function DUF340, membrane  33 
 
 		 279 aa  47.4  0.0003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0605  protein of unknown function DUF340 membrane  32.12 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0612  protein of unknown function DUF340, membrane  37.25 
 
 		 278 aa  45.4  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.454332  normal  0.780687 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>