45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0047 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0047  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 104 bp  206  8e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.20206 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0026  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  88.12 
 
 		 104 bp  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.283025  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0024  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  88.54 
 
 		 105 bp  103  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.255506  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0020  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  87.5 
 
 		 104 bp  103  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.330049 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0034  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  92.42 
 
 		 101 bp  91.7  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.052993  normal  0.0100088 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3560  signal recognition particle RNA  85.86 
 
 		 102 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0002    85.86 
 
 		 103 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180442  normal  0.539085 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0037  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  85.86 
 
 		 103 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0480154  normal  0.14227 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0075  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  90.91 
 
 		 101 bp  83.8  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.643834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0029  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  85.86 
 
 		 101 bp  79.8  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0030  SRP RNA  85.86 
 
 		 101 bp  79.8  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.794672  normal  0.947694 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0102  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  83.84 
 
 		 103 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105096  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0046  SRP RNA  83.84 
 
 		 103 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820406  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0038  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  83.84 
 
 		 103 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0368326  normal  0.266058 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0048    83.84 
 
 		 103 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0344887  normal  0.132073 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0009  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  88.89 
 
 		 102 bp  69.9  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0056  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  83.84 
 
 		 103 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0102004  normal  0.775524 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0048    82.83 
 
 		 103 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0963367  normal  0.0663879 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0002  SRP RNA  87.3 
 
 		 101 bp  61.9  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0048  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  82.83 
 
 		 105 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.267779  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0019  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  87.3 
 
 		 102 bp  61.9  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0028  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  92.5 
 
 		 102 bp  56  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0025  SRP RNA  85.71 
 
 		 102 bp  54  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00341222  normal  0.445968 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0048  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  91.89 
 
 		 102 bp  50.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0051  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  91.89 
 
 		 102 bp  50.1  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.047021  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0005  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  91.89 
 
 		 102 bp  50.1  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0469239 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0063  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparticle  91.89 
 
 		 103 bp  50.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0060  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.89 
 
 		 105 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0045    91.89 
 
 		 101 bp  50.1  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.726744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4516  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.89 
 
 		 98 bp  50.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.681082  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0061  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  91.89 
 
 		 103 bp  50.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0002    91.89 
 
 		 102 bp  50.1  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.251285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0038    91.89 
 
 		 101 bp  50.1  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0045  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.89 
 
 		 102 bp  50.1  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0001  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.89 
 
 		 106 bp  50.1  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0311413  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0061  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.89 
 
 		 104 bp  50.1  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA1  SRP  91.89 
 
 		 98 bp  50.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0007  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.89 
 
 		 105 bp  50.1  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0002  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.89 
 
 		 103 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.455349  normal  0.0619006 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0071  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.89 
 
 		 105 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.163285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0015    100 
 
 		 105 bp  48.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.303512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0019  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 105 bp  48.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0011  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0032  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  93.33 
 
 		 104 bp  44.1  0.007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000220464  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0058  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  93.33 
 
 		 105 bp  44.1  0.007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.175728  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>