42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0942 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0942  capsid scaffolding  100 
 
 		 311 aa  641    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0898  putative capsid scaffolding protein  44.05 
 
 		 284 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2799  scaffold protein  44.15 
 
 		 329 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2935  phage capsid scaffolding  35.14 
 
 		 267 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.67209e-22 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3492  phage capsid scaffolding protein  34.3 
 
 		 266 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.41374e-21 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1283  phage capsid scaffolding  35.02 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0240  capsid scaffolding  41.07 
 
 		 276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1027  phage capsid scaffolding protein  47.54 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0721  phage capsid scaffolding  33.96 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0634164 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05026  hypothetical protein  46.55 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1056  phage capsid scaffolding protein (GPO)  32.57 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1471  phage capsid scaffolding  46.04 
 
 		 286 aa  119  6e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.790128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2766  phage capsid scaffolding  46.04 
 
 		 282 aa  119  9e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.752968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0703  scaffold  46.26 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5053  scaffold  46.26 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4836  capsid scaffolding  48.89 
 
 		 273 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1351  Phage capsid scaffolding protein (GPO)  44.3 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498179  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0696  phage capsid scaffolding  46.92 
 
 		 293 aa  106  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2915  capsid scaffolding  42.54 
 
 		 269 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.46231 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01362  phage capsid scaffolding protein (GPO)  44.14 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.105986  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1938  bacteriophage protein  46.32 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.168688 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37600  Phage P2 capsid scaffolding gpO-like protein  46.81 
 
 		 277 aa  102  8e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0206  capsid scaffolding  35.27 
 
 		 272 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134052 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3290  phage capsid scaffolding  31.97 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2776  capsid scaffolding  32.46 
 
 		 277 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.569535  decreased coverage  0.0000191582 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2867  phage capsid scaffolding protein  45.99 
 
 		 277 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0925  phage capsid scaffolding protein  45.99 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3049  phage capsid scaffolding protein  45.99 
 
 		 277 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184125 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00834  putative capsid scaffolding protein  45.26 
 
 		 250 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00842  hypothetical protein  45.26 
 
 		 250 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1398  phage capsid scaffolding  44.36 
 
 		 271 aa  96.7  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3051  phage capsid scaffolding protein GpO  33.33 
 
 		 284 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.826647  hitchhiker  0.00000559875 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4324  phage capsid scaffolding protein GpO  32.65 
 
 		 284 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944924 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2328  capsid scaffolding  40.88 
 
 		 271 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3172  capsid scaffolding  38.57 
 
 		 284 aa  89  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3832  capsid scaffolding  32.99 
 
 		 279 aa  86.7  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4365  phage capsid scaffolding protein GpO  30.08 
 
 		 287 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000101655 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3500  phage capsid scaffolding  35.66 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.182545 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0586  hypothetical protein  36.72 
 
 		 304 aa  79  0.00000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.689959 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0772  probable capsid scaffolding protein  40.16 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2642  capsid scaffolding  27.27 
 
 		 281 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.612438  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1933  phage capsid scaffolding protein (GpO)  34.29 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.792365  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>