42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0898 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0898  putative capsid scaffolding protein  100 
 
 		 284 aa  589  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2799  scaffold protein  58.21 
 
 		 329 aa  315  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0942  capsid scaffolding  44.05 
 
 		 311 aa  230  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2935  phage capsid scaffolding  45.56 
 
 		 267 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.67209e-22 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3492  phage capsid scaffolding protein  44.81 
 
 		 266 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.41374e-21 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1283  phage capsid scaffolding  34.56 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0240  capsid scaffolding  40.53 
 
 		 276 aa  146  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1027  phage capsid scaffolding protein  34.69 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2766  phage capsid scaffolding  35.71 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.752968 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1056  phage capsid scaffolding protein (GPO)  35.96 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1471  phage capsid scaffolding  34.81 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.790128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05026  hypothetical protein  50 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0721  phage capsid scaffolding  47.01 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0634164 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0703  scaffold  35 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5053  scaffold  35 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0696  phage capsid scaffolding  42.42 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2915  capsid scaffolding  31.51 
 
 		 269 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.46231 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0586  hypothetical protein  41.27 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.689959 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1351  Phage capsid scaffolding protein (GPO)  40.27 
 
 		 269 aa  99.8  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498179  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00842  hypothetical protein  42.54 
 
 		 250 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2867  phage capsid scaffolding protein  42.54 
 
 		 277 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00834  putative capsid scaffolding protein  42.54 
 
 		 250 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0925  phage capsid scaffolding protein  42.54 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3049  phage capsid scaffolding protein  42.54 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184125 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01362  phage capsid scaffolding protein (GPO)  27.89 
 
 		 280 aa  95.9  6e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.105986  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4836  capsid scaffolding  34.95 
 
 		 273 aa  95.9  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37600  Phage P2 capsid scaffolding gpO-like protein  41.13 
 
 		 277 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2776  capsid scaffolding  41.79 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.569535  decreased coverage  0.0000191582 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1938  bacteriophage protein  40.41 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.168688 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3172  capsid scaffolding  36.02 
 
 		 284 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0206  capsid scaffolding  36.99 
 
 		 272 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134052 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3290  phage capsid scaffolding  28.52 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3832  capsid scaffolding  40.91 
 
 		 279 aa  90.5  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4324  phage capsid scaffolding protein GpO  28.15 
 
 		 284 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944924 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1933  phage capsid scaffolding protein (GpO)  38.41 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.792365  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3051  phage capsid scaffolding protein GpO  29.1 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.826647  hitchhiker  0.00000559875 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1398  phage capsid scaffolding  36.64 
 
 		 271 aa  82.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3500  phage capsid scaffolding  34.27 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.182545 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4365  phage capsid scaffolding protein GpO  32.41 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000101655 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0772  probable capsid scaffolding protein  36.22 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2328  capsid scaffolding  36.57 
 
 		 271 aa  75.9  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2642  capsid scaffolding  33.09 
 
 		 281 aa  62  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.612438  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>