47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3392 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3392  putative integral membrane protein  100 
 
 		 102 aa  203  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294707  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0608  putative integral membrane protein  77.45 
 
 		 102 aa  169  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3672  putative integral membrane protein  79.41 
 
 		 102 aa  169  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00199329  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2318  putative integral membrane protein  73.53 
 
 		 102 aa  164  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0560205  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0482  putative integral membrane protein  72.55 
 
 		 102 aa  159  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00104314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0388  putative integral membrane protein  73.53 
 
 		 102 aa  157  5e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.293835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0380  putative integral membrane protein  73.53 
 
 		 102 aa  157  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000114703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1029  putative integral membrane protein  73.53 
 
 		 102 aa  155  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2205  putative integral membrane protein  68.63 
 
 		 102 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2230  hypothetical protein  61.76 
 
 		 102 aa  120  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0411171  normal  0.154087 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3050  hypothetical protein  56.86 
 
 		 93 aa  111  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0597256 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3332  putative transmembrane protein  56.86 
 
 		 93 aa  108  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.551486 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2985  hypothetical protein  55.88 
 
 		 93 aa  107  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5371  putative transmembrane protein  54.9 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.674172 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6725  putative transmembrane protein  52.94 
 
 		 93 aa  103  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3631  hypothetical protein  54.9 
 
 		 91 aa  102  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1741  hypothetical protein  54 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0472664  normal  0.940326 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2090  hypothetical protein  60.53 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.180478  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3736  hypothetical protein  52 
 
 		 90 aa  94.4  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0639832  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0376  hypothetical protein  63.08 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148136  normal  0.453628 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1444  hypothetical protein  46.46 
 
 		 92 aa  84.7  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0121261  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2046  small integral membrane protein-like protein  49 
 
 		 90 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0395838  normal  0.868714 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1737  small integral membrane protein-like protein  43 
 
 		 90 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688593  normal  0.202822 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5935  Protein of unknown function DUF2160, transmembrane  47 
 
 		 90 aa  79  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.114344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3170  hypothetical protein  55.22 
 
 		 90 aa  79.3  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.180027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1596  hypothetical protein  48.91 
 
 		 93 aa  77.8  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.644548  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5978  conserved hypothetical conserved membrane protein  52 
 
 		 98 aa  76.6  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1897  small integral membrane protein-like protein  43 
 
 		 90 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.124447 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6465  conserved hypothetical conserved membrane protein  50.67 
 
 		 98 aa  73.9  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.982762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3474  small integral membrane protein-like protein  45 
 
 		 90 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00603331 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3981  hypothetical protein  44.12 
 
 		 97 aa  73.6  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.29169  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0099  hypothetical protein  50 
 
 		 93 aa  70.1  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00804392  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2226  hypothetical protein  50 
 
 		 109 aa  65.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303465  normal  0.0656684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1970  small integral membrane protein-like protein  50 
 
 		 93 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4890  hypothetical protein  48.57 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4099  hypothetical protein  50 
 
 		 90 aa  63.9  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0645263  normal  0.5804 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4388  hypothetical protein  42.86 
 
 		 93 aa  63.5  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.112554 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2908  hypothetical protein  45.21 
 
 		 139 aa  61.6  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.47453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4064  hypothetical protein  47.83 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.42529  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1366  hypothetical protein  47.06 
 
 		 109 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0994067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2096  Protein of unknown function DUF2160, transmembrane  39.47 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0817847 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4212  hypothetical protein  47.14 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1322  hypothetical protein  39.8 
 
 		 90 aa  58.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.457935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2664  hypothetical protein  39.8 
 
 		 90 aa  58.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1202  small integral membrane protein-like protein  41.24 
 
 		 90 aa  55.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377159  normal  0.6493 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2421  hypothetical protein  43.66 
 
 		 92 aa  53.5  0.0000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00903724  normal  0.690218 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3132  hypothetical protein  39.44 
 
 		 132 aa  40.4  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.258717  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>