53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Cys-1 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0010  tRNA-Cys  90 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0070  tRNA-Cys  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00415694  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0011  tRNA-Cys  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.192028 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0056  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000403241  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0014  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000913003  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0037  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0093  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139562  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0040  tRNA-Cys  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0026  tRNA-Cys  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000374248  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0065  tRNA-Cys  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000051222  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0026  tRNA-Cys  94.12 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0038  tRNA-Cys  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000123797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0037  tRNA-Cys  87.1 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.21352e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000388055  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0059  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000068081  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0004  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10265 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0002  tRNA-Cys  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.150631  unclonable  0.0000119825 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1864  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2454  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2769  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2153  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.332579  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0032  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0539898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0027  tRNA-Cys  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0008  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0024  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.882342 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0069  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0104  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.916479  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0027  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0013  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201212  normal  0.568033 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0015  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000242975  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0538  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.435960000000001e-32 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0051  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4764  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000101548  hitchhiker  8.34658e-17 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0042  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5719  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00287559  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.785195  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5684  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0257731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0128228  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0650273  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0459686  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000664876  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0040  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0040  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.578047  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0087  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000500213  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0091  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115005  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0613  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000112744  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0037  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0029  tRNA-Cys  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000761826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0020  tRNA-Cys  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979137  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0030  tRNA-Cys  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.512325  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1591  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0177863  normal  0.766163 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0061  tRNA-Cys  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000162989  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>