30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6261 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6261  NoeA host specific nodulation protein  100 
 
 		 467 aa  964    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.161633 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0463  NoeA host specific nodulation protein  50.98 
 
 		 455 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2152  NoeA host specific nodulation protein  43.48 
 
 		 461 aa  352  8.999999999999999e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.402856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3274  hypothetical protein  36.62 
 
 		 470 aa  268  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0156  NoeA host specific nodulation protein  32.61 
 
 		 489 aa  258  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2282  hypothetical protein  34.2 
 
 		 470 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00350753 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2134  hypothetical protein  34.63 
 
 		 564 aa  243  7e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0188148  normal  0.0214678 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2601  hypothetical protein  25 
 
 		 469 aa  100  7e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2579  hypothetical protein  26.62 
 
 		 447 aa  90.5  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0707132  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0374  hypothetical protein  23.94 
 
 		 456 aa  54.7  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0540  ribosomal protein L11 methyltransferase  40 
 
 		 293 aa  49.3  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4421  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.98 
 
 		 293 aa  48.5  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00260494  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0243  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.98 
 
 		 295 aa  48.9  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0239  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.98 
 
 		 295 aa  48.5  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.33 
 
 		 295 aa  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0566  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.94 
 
 		 296 aa  48.5  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0178303  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3687  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.34 
 
 		 295 aa  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.768619  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1210  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.34 
 
 		 306 aa  47.4  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000191055  normal  0.886421 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0388  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.34 
 
 		 293 aa  47.4  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000022526  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3214  methyltransferase of 50S ribosomal subunit protein L11  38.33 
 
 		 311 aa  47.4  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0454  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.34 
 
 		 293 aa  47.4  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.34 
 
 		 295 aa  47  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002195  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.33 
 
 		 295 aa  47  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00271176  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0367  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.91 
 
 		 290 aa  47  0.0008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.67 
 
 		 295 aa  46.2  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  35 
 
 		 294 aa  44.7  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0810  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.21 
 
 		 292 aa  44.7  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03000  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.86 
 
 		 301 aa  43.5  0.007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2486  putative RNA methylase  33.8 
 
 		 207 aa  43.5  0.008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1609  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  44.19 
 
 		 156 aa  43.5  0.008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.682504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>