42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1938 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1938  bacteriophage protein  100 
 
 		 279 aa  571  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.168688 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2915  capsid scaffolding  48.93 
 
 		 269 aa  251  7e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.46231 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3172  capsid scaffolding  46.92 
 
 		 284 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2328  capsid scaffolding  48.07 
 
 		 271 aa  243  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4836  capsid scaffolding  47.9 
 
 		 273 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0206  capsid scaffolding  47.55 
 
 		 272 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134052 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1351  Phage capsid scaffolding protein (GPO)  47.77 
 
 		 269 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498179  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1398  phage capsid scaffolding  48.07 
 
 		 271 aa  232  5e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3051  phage capsid scaffolding protein GpO  43.3 
 
 		 284 aa  223  4e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.826647  hitchhiker  0.00000559875 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4324  phage capsid scaffolding protein GpO  43.3 
 
 		 284 aa  221  7e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944924 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3049  phage capsid scaffolding protein  45.8 
 
 		 277 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184125 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2867  phage capsid scaffolding protein  46.15 
 
 		 277 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0925  phage capsid scaffolding protein  45.8 
 
 		 277 aa  218  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2776  capsid scaffolding  45.45 
 
 		 277 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.569535  decreased coverage  0.0000191582 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3290  phage capsid scaffolding  44.06 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3500  phage capsid scaffolding  39.07 
 
 		 285 aa  212  3.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.182545 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00834  putative capsid scaffolding protein  48.77 
 
 		 250 aa  211  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00842  hypothetical protein  48.77 
 
 		 250 aa  211  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4365  phage capsid scaffolding protein GpO  39.73 
 
 		 287 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000101655 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01362  phage capsid scaffolding protein (GPO)  42.55 
 
 		 280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.105986  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2642  capsid scaffolding  40.14 
 
 		 281 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.612438  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37600  Phage P2 capsid scaffolding gpO-like protein  41.18 
 
 		 277 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3832  capsid scaffolding  34.74 
 
 		 279 aa  136  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1933  phage capsid scaffolding protein (GpO)  49.64 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.792365  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1283  phage capsid scaffolding  47.37 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05026  hypothetical protein  44.23 
 
 		 291 aa  116  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1027  phage capsid scaffolding protein  44.68 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0721  phage capsid scaffolding  44.53 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0634164 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0942  capsid scaffolding  46.32 
 
 		 311 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0696  phage capsid scaffolding  41.43 
 
 		 293 aa  97.4  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1056  phage capsid scaffolding protein (GPO)  29.39 
 
 		 299 aa  96.7  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0240  capsid scaffolding  39.13 
 
 		 276 aa  95.9  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2766  phage capsid scaffolding  36.54 
 
 		 282 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.752968 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1471  phage capsid scaffolding  36.54 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.790128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0898  putative capsid scaffolding protein  40.41 
 
 		 284 aa  92  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0703  scaffold  38.81 
 
 		 381 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5053  scaffold  38.81 
 
 		 381 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0772  probable capsid scaffolding protein  32.72 
 
 		 290 aa  83.2  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2799  scaffold protein  39.55 
 
 		 329 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0586  hypothetical protein  32.59 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.689959 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3492  phage capsid scaffolding protein  37.5 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.41374e-21 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2935  phage capsid scaffolding  35.56 
 
 		 267 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.67209e-22 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>