47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4212 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4212  hypothetical protein  100 
 
 		 108 aa  206  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4064  hypothetical protein  87.96 
 
 		 128 aa  187  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.42529  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4890  hypothetical protein  83.33 
 
 		 109 aa  176  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1366  hypothetical protein  77.98 
 
 		 109 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0994067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2226  hypothetical protein  75.23 
 
 		 109 aa  155  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303465  normal  0.0656684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1970  small integral membrane protein-like protein  51.89 
 
 		 93 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2664  hypothetical protein  51.46 
 
 		 90 aa  85.9  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1322  hypothetical protein  51.46 
 
 		 90 aa  85.9  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.457935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1596  hypothetical protein  47.66 
 
 		 93 aa  80.1  0.000000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.644548  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4099  hypothetical protein  46.08 
 
 		 90 aa  79.7  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0645263  normal  0.5804 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5978  conserved hypothetical conserved membrane protein  45.87 
 
 		 98 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6465  conserved hypothetical conserved membrane protein  44.04 
 
 		 98 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.982762 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1202  small integral membrane protein-like protein  48.08 
 
 		 90 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377159  normal  0.6493 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2908  hypothetical protein  43.81 
 
 		 139 aa  73.9  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.47453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3981  hypothetical protein  41.28 
 
 		 97 aa  73.2  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.29169  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4388  hypothetical protein  45.19 
 
 		 93 aa  73.2  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.112554 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0099  hypothetical protein  42.06 
 
 		 93 aa  70.9  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00804392  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2046  small integral membrane protein-like protein  45.1 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0395838  normal  0.868714 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3050  hypothetical protein  52.11 
 
 		 93 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0597256 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2985  hypothetical protein  50.7 
 
 		 93 aa  67  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2090  hypothetical protein  50 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.180478  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0376  hypothetical protein  50 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148136  normal  0.453628 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3332  putative transmembrane protein  49.3 
 
 		 93 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.551486 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0388  putative integral membrane protein  39.64 
 
 		 102 aa  65.1  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.293835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0380  putative integral membrane protein  39.64 
 
 		 102 aa  65.1  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000114703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1029  putative integral membrane protein  40.54 
 
 		 102 aa  63.9  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2421  hypothetical protein  46.34 
 
 		 92 aa  63.2  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00903724  normal  0.690218 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1444  hypothetical protein  39.42 
 
 		 92 aa  63.2  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0121261  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5371  putative transmembrane protein  50 
 
 		 93 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.674172 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1737  small integral membrane protein-like protein  43.56 
 
 		 90 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688593  normal  0.202822 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0608  putative integral membrane protein  46.38 
 
 		 102 aa  61.2  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3672  putative integral membrane protein  49.28 
 
 		 102 aa  61.2  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00199329  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3170  hypothetical protein  44.83 
 
 		 90 aa  60.8  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.180027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5935  Protein of unknown function DUF2160, transmembrane  50 
 
 		 90 aa  60.8  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.114344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2318  putative integral membrane protein  39.42 
 
 		 102 aa  60.8  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0560205  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2205  putative integral membrane protein  40.38 
 
 		 102 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3392  putative integral membrane protein  47.14 
 
 		 102 aa  59.7  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294707  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1741  hypothetical protein  50.82 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0472664  normal  0.940326 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6725  putative transmembrane protein  47.69 
 
 		 93 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1897  small integral membrane protein-like protein  44.55 
 
 		 90 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.124447 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0482  putative integral membrane protein  42.86 
 
 		 102 aa  56.2  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00104314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3631  hypothetical protein  39.6 
 
 		 91 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3736  hypothetical protein  49.23 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0639832  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2096  Protein of unknown function DUF2160, transmembrane  40 
 
 		 99 aa  55.1  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0817847 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3474  small integral membrane protein-like protein  52.31 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00603331 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2230  hypothetical protein  38.18 
 
 		 102 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0411171  normal  0.154087 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3132  hypothetical protein  35.71 
 
 		 132 aa  42  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.258717  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>