48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5204 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5204  SdiA-regulated domain-containing protein  100 
 
 		 300 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5151  SdiA-regulated domain protein  96 
 
 		 300 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.965879  normal  0.786945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5058  SdiA-regulated domain-containing protein  96 
 
 		 300 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0993064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0314  SdiA-regulated domain-containing protein  87.46 
 
 		 303 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183725 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5383  SdiA-regulated  71.76 
 
 		 305 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.02449 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04270  putative transcriptional regulator  70 
 
 		 321 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.510674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0418  hypothetical protein  69.64 
 
 		 321 aa  401  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4227  SdiA-regulated domain-containing protein  59.41 
 
 		 303 aa  358  7e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4848  SdiA-regulated  63.18 
 
 		 317 aa  357  9e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22840  SdiA-regulated domain-containing protein  64.13 
 
 		 308 aa  356  2.9999999999999997e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0239521  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5290  hypothetical protein  61.27 
 
 		 312 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.842454  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38420  hypothetical protein  50.35 
 
 		 309 aa  257  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.224716 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3272  SdiA-regulated protein  51.43 
 
 		 325 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4229  SdiA-regulated domain-containing protein  42.57 
 
 		 317 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04160  putatitve transcriptional regulator  41.57 
 
 		 329 aa  198  9e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0412  putatitve transcriptional regulator  41.57 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48290  hypothetical protein  42.7 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5291  hypothetical protein  41.8 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4849  SdiA-regulated  41.8 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07110  hypothetical protein  42.66 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.187526  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5589  hypothetical protein  38.03 
 
 		 326 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5205  SdiA-regulated domain-containing protein  40.38 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.520929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0313  SdiA-regulated domain-containing protein  40.38 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.124016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5152  SdiA-regulated domain protein  39.61 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.767361 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5059  SdiA-regulated domain-containing protein  39.22 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5110  SdiA-regulated  37.7 
 
 		 326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5384  SdiA-regulated  38.52 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5845  SdiA-regulated protein  32.32 
 
 		 280 aa  161  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.539509 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4933  hypothetical protein  30.63 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4561  hypothetical protein  31 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4878  SdiA-regulated protein  31.94 
 
 		 329 aa  159  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.60346 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3731  SdiA-regulated domain-containing protein  31 
 
 		 286 aa  158  8e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00663861  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3663  SdiA-regulated domain protein  30.63 
 
 		 323 aa  158  9e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000154748  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04202  hypothetical protein  30.63 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00228683  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04165  hypothetical protein  30.63 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00151161  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4772  conserved hypothetical protein yjiK  30.63 
 
 		 323 aa  154  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4566  hypothetical protein  34.88 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.859711  normal  0.266567 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4658  hypothetical protein  34.88 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4657  hypothetical protein  34.5 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4573  sdiA-regulated family protein  34.5 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4706  SdiA-regulated family protein  34.5 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4588  SrgB  34.33 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.537966  normal  0.854638 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0044  SrgB  34.33 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.880775 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4679  hypothetical protein  33.67 
 
 		 282 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2428  hypothetical protein  31.89 
 
 		 302 aa  106  6e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0451472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5082  sdiA-regulated domain protein  31.36 
 
 		 272 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.142061 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1385  putative extracellular nuclease  23.23 
 
 		 751 aa  55.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.14292  normal  0.827149 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1215  inner membrane protein  24.54 
 
 		 280 aa  47.8  0.0002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>