299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0020 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000324571  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  98.61 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155557  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t32  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0011176  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0605047  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0030  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.238826  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0179  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0062  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0080  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0050  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000344943  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237653  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0070  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135947  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0063  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.257054  normal  0.817877 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0020  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0111  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0023  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.157994  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0009  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0082  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302683  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0077  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000716248  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0080  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000233743  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0006  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.652554  normal  0.867561 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0006  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0084  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000144766  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000027529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0032  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0296  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0007006  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0562  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0019  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0224429  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0027  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0030  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000300498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0029  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000030616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0028  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000292353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1576  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1611  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0007  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0007  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0056  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0057  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32045  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0009  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00118273  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0054  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0057  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.783183  normal  0.0478454 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0055  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0061  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_002950  PGt26  tRNA-Arg  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.546843 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5664  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000049458  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5694  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000635784  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5726  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000859141  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0860  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000046411  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000219464  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000143078  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000847547  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000123447  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000523953  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.353058  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000201078  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000012583  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000407513  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5672  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000112746  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000072092  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692763  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000500778  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5639  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0299  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000767893  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0024  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0232798  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4571  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000605128  normal  0.110688 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0037  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180168  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0038  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000238811  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0039  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000255751  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0041  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000126984  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0277  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0051  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000784073  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0100  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00184606  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5044  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5028  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000552339  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0137  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00346099  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0101  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00157662  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0045  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.24786  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0046  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0047  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.349818  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0049  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5732  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000100542  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0218  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000264905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0104  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000527432  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0785  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.40314e-31 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4997  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>