67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0032 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0084  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000144766  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1611  tRNA-Arg  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1576  tRNA-Arg  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0172  tRNA-Arg  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.678062  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0028  tRNA-Arg  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1223  tRNA-Arg  94.74 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0782259  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0020  tRNA-Arg  89.06 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t32  tRNA-Arg  89.06 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0011176  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0019  tRNA-Arg  88.71 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0224429  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  91.84 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  91.84 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000324571  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0624  tRNA-Arg  86.76 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00406719  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155557  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000027529  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0063  tRNA-Arg  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.257054  normal  0.817877 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0026  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376557  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0044  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0030  tRNA-Arg  85.94 
 
 
74 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.238826  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0179  tRNA-Arg  85.94 
 
 
74 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.94 
 
 
74 bp  56  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  85.94 
 
 
74 bp  56  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0605047  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  96.77 
 
 
77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00070  tRNA-Arg  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0206653  normal  0.0328512 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  96.77 
 
 
77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  96.77 
 
 
77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0040  tRNA-Arg  85.07 
 
 
74 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000753452  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0080  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0020  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0062  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237653  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0070  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135947  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0050  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000344943  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0023  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.157994  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0111  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0574  tRNA-Arg  86.21 
 
 
79 bp  52  0.00002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1390  tRNA-Arg  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0033  tRNA-Arg  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0031  tRNA-Arg  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.501356  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0059  tRNA-Arg  87.5 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.673271  normal  0.352289 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0562  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0296  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0007006  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0358  tRNA-Thr  93.55 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.187515  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0045  tRNA-Arg  83.58 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000178577  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  86.27 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0003  tRNA-Arg  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0007  tRNA-Arg  88.37 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.818817  hitchhiker  0.0000144488 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  88.1 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  88.1 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27060  tRNA-Arg  88.1 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.14879  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0061  tRNA-Arg  88.1 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0063  tRNA-Arg  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0006  tRNA-Arg  91.18 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0008  tRNA-Arg  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56031  normal  0.0314068 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0009  tRNA-Arg  88.1 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0007  tRNA-Arg  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.866395  normal  0.129572 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>