14 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1540 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1540  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 250 aa  498  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4769  hypothetical protein  42.86 
 
 		 248 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.365157 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3734  hypothetical protein  42.86 
 
 		 248 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0665  tetratricopeptide TPR_4  33.2 
 
 		 244 aa  123  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0994  hypothetical protein  34.68 
 
 		 252 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.391943 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1662  tetratricopeptide TPR_4  30.71 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.399527  normal  0.999134 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0859  Tetratricopeptide TPR_4  33.74 
 
 		 252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.414565 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0924  Tetratricopeptide TPR_4  33.2 
 
 		 252 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.638112  normal  0.741149 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2498  hypothetical protein  38.11 
 
 		 253 aa  112  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0034451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1986  putative transmembrane protein  34.68 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.878282 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0637  tetratricopeptide TPR_4  32.39 
 
 		 266 aa  93.2  4e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4035  TPR repeat-containing protein  28.96 
 
 		 254 aa  53.5  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  32.81 
 
 		 718 aa  49.3  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2545  tetratricopeptide domain-containing protein  32.56 
 
 		 672 aa  43.9  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.216986  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>