77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1321 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0432  lysyl-tRNA synthetase  59.39 
 
 		 539 aa  642    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.316721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2237  lysyl-tRNA synthetase  80.42 
 
 		 526 aa  891    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0487  lysyl-tRNA synthetase  80.61 
 
 		 526 aa  895    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.481224  normal  0.149534 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1576  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 530 aa  1098    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.286152  normal  0.0216142 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1321  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 530 aa  1098    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.203772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0509  lysyl-tRNA synthetase  64.57 
 
 		 529 aa  692    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0017  lysyl-tRNA synthetase  60.93 
 
 		 553 aa  647    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0741  lysyl-tRNA synthetase  64.08 
 
 		 551 aa  691    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2261  lysyl-tRNA synthetase  72.76 
 
 		 547 aa  832    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3971  lysyl-tRNA synthetase  63.52 
 
 		 551 aa  686    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3617  lysyl-tRNA synthetase  72.53 
 
 		 548 aa  815    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.983213  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2206  lysyl-tRNA synthetase  64.35 
 
 		 552 aa  716    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.485423  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0790  lysyl-tRNA synthetase  64.08 
 
 		 551 aa  691    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0584  lysyl-tRNA synthetase  80.23 
 
 		 526 aa  890    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135058  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0888  lysyl-tRNA synthetase  58.35 
 
 		 545 aa  628  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0730  lysyl-tRNA synthetase  58.54 
 
 		 546 aa  628  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.136179  normal  0.324611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5166  lysyl-tRNA synthetase  58.13 
 
 		 545 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0201  lysyl-tRNA synthetase  58.54 
 
 		 543 aa  621  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0151  lysyl-tRNA synthetase  58.35 
 
 		 543 aa  621  1e-176  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1000  lysyl-tRNA synthetase  57.41 
 
 		 545 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.771898  normal  0.632109 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6283  lysyl-tRNA synthetase  57.01 
 
 		 567 aa  617  1e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.375392 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1065  lysyl-tRNA synthetase  56.18 
 
 		 567 aa  616  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.115893 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0790  lysyl-tRNA synthetase  57.68 
 
 		 548 aa  615  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.677714  hitchhiker  0.00421967 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1625  lysyl-tRNA synthetase  58.24 
 
 		 568 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.279844  normal  0.0697813 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0503  lysyl-tRNA synthetase  57.01 
 
 		 550 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0137  lysyl-tRNA synthetase  59.92 
 
 		 552 aa  608  1e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3798  lysyl-tRNA synthetase  56.7 
 
 		 585 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3162  lysyl-tRNA synthetase  57.22 
 
 		 567 aa  600  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.152215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3566  lysyl-tRNA synthetase  57.9 
 
 		 583 aa  597  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.279975  normal  0.84851 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7217  lysyl-tRNA synthetase  56.28 
 
 		 567 aa  596  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.273828  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0860  lysyl-tRNA synthetase  54.33 
 
 		 511 aa  592  1e-168  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2980  lysyl-tRNA synthetase  56.11 
 
 		 582 aa  591  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.387429 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3206  lysyl-tRNA synthetase  56.48 
 
 		 567 aa  591  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1360  lysyl-tRNA synthetase  55.58 
 
 		 553 aa  591  1e-167  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2384  lysyl-tRNA synthetase  55.45 
 
 		 565 aa  585  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0707  lysyl-tRNA synthetase  55.64 
 
 		 519 aa  568  1e-160  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.407177  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0463  lysyl-tRNA synthetase  53.61 
 
 		 533 aa  561  1.0000000000000001e-159  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0614307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0268  lysyl-tRNA synthetase  53.74 
 
 		 540 aa  547  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0782951  normal  0.684652 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0626  lysyl-tRNA synthetase  49.32 
 
 		 511 aa  533  1e-150  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0413  lysyl-tRNA synthetase  48.14 
 
 		 511 aa  522  1e-147  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.738039  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2360  lysyl-tRNA synthetase  51.04 
 
 		 534 aa  519  1e-146  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0773  lysyl-tRNA synthetase  48.82 
 
 		 505 aa  486  1e-136  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0578  lysyl-tRNA synthetase  26.8 
 
 		 529 aa  215  1.9999999999999998e-54  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2651  lysyl-tRNA synthetase  27.17 
 
 		 517 aa  161  3e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0307953  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2757  lysyl-tRNA synthetase  26.55 
 
 		 517 aa  157  4e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000778634 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2567  lysyl-tRNA synthetase  25.8 
 
 		 517 aa  155  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2387  lysyl-tRNA synthetase  27.37 
 
 		 567 aa  155  2e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.353183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3478  lysyl-tRNA synthetase  26.84 
 
 		 553 aa  152  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0679  lysyl-tRNA synthetase  26.19 
 
 		 521 aa  152  2e-35  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2340  lysine--tRNA ligase, class I (lysyl-tRNA synthetase, class I)  25.66 
 
 		 517 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1974  lysyl-tRNA synthetase  28.28 
 
 		 546 aa  147  6e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.608972  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1509  lysyl-tRNA synthetase  26.58 
 
 		 568 aa  146  8.000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2375  lysine--tRNA ligase (lysyl-tRNA synthetase)  24.91 
 
 		 517 aa  146  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2553  lysyl-tRNA synthetase  27.77 
 
 		 528 aa  145  1e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.584812  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0116  lysyl-tRNA synthetase  25 
 
 		 505 aa  133  6e-30  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0773  lysyl-tRNA synthetase  27.09 
 
 		 497 aa  133  6.999999999999999e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1293  lysyl-tRNA synthetase  25.22 
 
 		 600 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2815  lysyl-tRNA synthetase  25.23 
 
 		 533 aa  126  8.000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000378185  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1507  lysyl-tRNA synthetase  24.34 
 
 		 537 aa  124  5e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0922  lysyl-tRNA synthetase  23.88 
 
 		 524 aa  122  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0629  lysyl-tRNA synthetase  25.23 
 
 		 533 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2180  lysyl-tRNA synthetase  25.35 
 
 		 492 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.02262  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1865  lysyl-tRNA synthetase  25.05 
 
 		 528 aa  120  7.999999999999999e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0563  lysyl-tRNA synthetase  25.05 
 
 		 533 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.318054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0275  lysyl-tRNA synthetase  25.15 
 
 		 533 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1355  lysyl-tRNA synthetase  23.91 
 
 		 533 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0215  lysyl-tRNA synthetase  26.75 
 
 		 545 aa  103  1e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.273119  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4154  lysyl-tRNA synthetase  23.15 
 
 		 527 aa  95.1  3e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1618  lysine--tRNA ligase  22.85 
 
 		 641 aa  87  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0786  lysyl-tRNA synthetase  24.58 
 
 		 537 aa  84.3  0.000000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.930737  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0571  lysyl-tRNA synthetase  24.96 
 
 		 598 aa  77.8  0.0000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.26496  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1376  glutamyl-tRNA synthetase  21.19 
 
 		 469 aa  43.5  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00012912  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2541  glutamyl-tRNA synthetase  21.85 
 
 		 504 aa  43.5  0.01  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20953  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3210  glutamyl-tRNA synthetase  21.19 
 
 		 469 aa  43.5  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000343347  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2103  glutamyl-tRNA synthetase  21.19 
 
 		 469 aa  43.5  0.01  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014771  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2628  glutamyl-tRNA synthetase  21.85 
 
 		 504 aa  43.5  0.01  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000191371  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1600  glutamyl-tRNA synthetase  21.19 
 
 		 469 aa  43.5  0.01  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000105625  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>